Plusieurs arrêtés des ministères des Finances et de l'Ecologie permettent la mise en œuvre effective de l'éco-taxe poids lourds.

Deux arrêtés fixent les taux kilométriques de la taxe nationale sur les véhicules de transport de marchandises pour les années 2013 et 2014. Le montant de la taxe en 2013 varie selon une échelle de 8 centimes d'euro à 14 centimes d'euro par kilomètre, en fonction des catégories de véhicules visées. En 2014, selon le même principe, le montant de la taxe sera en hausse, pouvant atteindre jusqu'à 15,4 centimes d'euro par kilomètre pour les véhicules de troisième catégorie.

Des modulations des taux kilométriques sont prévues par les arrêtés en fonction de la classe d'émission EURO du véhicule, c'est-à-dire selon que le véhicule soit plus ou moins polluant. Des majorations ou des minorations sont alors applicables. Ainsi, en 2013, les véhicules électriques et les véhicules de la classe EURO VI seront minorés de – 15% du montant de l'éco-taxe, alors que les véhicules les plus polluants seront majorés de 20%. En 2014, ces modulations se renforcent pour certaines classes avec notamment une minoration de - 40 % du montant de la taxe pour les véhicules électriques. La majoration reste inchangée pour les véhicules les plus polluants.

Enfin, un autre arrêté réduit de 10% le montant de la taxe due par les véhicules de transport de marchandises "qui ont souscrit un contrat d'abonnement auprès d'une société leur fournissant un service de télépéage".

L'entrée en vigueur de ces arrêtés est prévue le 1^er octobre 2013, date à laquelle la mise en œuvre de l'éco-taxe poids lourds a été fixée.