Dans son dernier rapport annuel, la Cour des Comptes (1) revient sur la fraude à la TVA sur les quotas de CO₂ qui s'est développée entre l'automne 2008 et juin 2009. En France, cette fraude aura couté 1,6 milliards d'euros à l'Etat et environ 5 milliards d'euros au niveau de l'UE. 18 procédures judiciaires sont en cours actuellement.

Suite à son enquête, la Cour des Comptes pointe les failles du système d'échange de quotas de CO₂ européen qui ont conduit à cette fraude massive "la plus importante jamais enregistrée en France en un temps aussi bref." L'ampleur de la fraude a été facilitée par trois failles originelles du système : le régime de perception de la TVA n'avait pas été sécurisé pour éviter les fraudes sur des transactions en temps réel ; toute personne physique ou morale pouvait, quasiment sans contrôle, accéder aux registres nationaux de quotas et le marché n'était soumis à aucune régulation externe.

Le mécanisme de fraude était le suivant : une société A vendait des quotas, exonérée de TVA, à la société B assujettie en France à la TVA (exemple pour un montant hors taxe de 100 €). La société B les revendait à la société C pour 119,60 € TTC en facturant un montant de TVA de 19,60 € qu'elle ne reverse pas à l'administration fiscale. La société C revendait à son tour des quotas exonérés de TVA et déduisait ou demandait le remboursement de la TVA facturée par B qui n'avait pas été reversée au Trésor public. L'administration fiscale remboursait ainsi à chaque fois une TVA qui ne lui avait pas été reversée.

Outre de pointer les responsabilités des ministères et des organismes financiers, la Cour des Comptes constate que les failles sont loin d'être comblées. Elle recommande par conséquent d'intégrer dans la préparation des textes les contraintes du contrôle fiscal, de renforcer la surveillance préventive des marchés potentiellement vulnérables à la fraude, de détecter précocement des anomalies dans les échanges intracommunautaires et de doter l'administration centrale d'une organisation et de moyens adaptés.