Durant la première année, les compagnies se verront attribuer un quota d'émissions équivalent à 97% de ce qu'elles ont émis en moyenne entre 2004 et 2006. Cette quantité diminuera chaque année et sera de 95% en 2013. 85% des certificats d'émissions seront attribués gratuitement, les 15% restant seront mis aux enchères. Chaque État membre décidera de l'utilisation qui sera faite du produit issu de la mise aux enchères de ses quotas. Mais celui-ci devra être affecté à l'atténuation du changement climatique et à la recherche sur des transports aériens propres. Dans tous les cas, les États membres devront rendre compte à la Commission de cette utilisation.
Les compagnies aériennes qui ne respecteraient les délais prévus sont menacées d'être pénalisées.
Le but de cette démarche est de provoquer une réduction des émissions de gaz à effet de serre du secteur à travers l'outil de marché qu'est le système d'échange de quotas. Même si la part des transports aériens dans les émissions globales de gaz à effet de serre de l'UE n'avoisine actuellement que 2% à 4%, ses émissions augmentent plus rapidement que celles de tous les autres secteurs. Celles qui sont dues aux vols internationaux ont augmenté de 73% entre 1990 à 2003 et devraient, d'après les projections de la Commission européenne, atteindre 150% d'ici à 2012 si aucune mesure n'est prise. Une telle croissance annulerait alors plus d'un quart de la réduction des émissions que l'UE-15 est censée réaliser entre 1990 et 2012 en vertu de protocole de Kyoto.