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Virus de la Covid-19 dans les eaux usées : le dispositif de surveillance est opérationnel

Le modèle de suivi du Sars-Cov-2 dans les eaux usées a été consolidé par le réseau Obépine. Reste désormais à voir comment va-t-il être intégré dans la boîte à outils des indicateurs pour la gestion de la pandémie en France.

Eau  |    |  Dorothée Laperche  |  Actu-Environnement.com
Virus de la Covid-19 dans les eaux usées : le dispositif de surveillance est opérationnel

« Nous sommes passés du mode recherche à celui de pilotage », assure Vincent Maréchal, enseignant-chercheur en virologie humaine au Centre de recherche Saint Antoine, membre de l'observatoire épidémiologique de la présence du virus Sars COV-2 dans les eaux usées (Obepine). L'objectif de ce réseau est de compléter la boîte à outils des indicateurs disponibles pour mieux gérer l'épidémie de Covid-19. L'idée des scientifiques est d'utiliser pour cela un miroir des pathologies de la population : les eaux usées. Une personne infectée excrète en effet du virus par l'intermédiaire de ses selles. L'avantage de ce suivi est qu'il donnerait un reflet de la circulation du Sars-COV 2 et pourrait être prédictif. « Cet été en Ile-de-France, les eaux usées se sont chargées en virus alors que les autres indicateurs comme par exemple les taux d'hospitalisation, etc. ne bougeaient pas, illustre Vincent Maréchal. L'explication est simple : durant l'été le virus aurait surtout circulé chez les jeunes qui – pour la plupart – ne développent pas de forme clinique ».

En juillet dernier, le ministère de la Recherche et de l'innovation a débloqué un financement d'un montant maximum de 3 millions d'euros pour que le réseau Obépine réalise un démonstrateur avec l'objectif d'un maillage territorial qui s'appuie sur un réseau de 150 stations d'épuration. À l'automne, ce dernier disposait de 82 sites et atteint désormais 94 stations d'épuration qui envoient chaque semaine les prélèvements pour analyse.

Une libération et publication des données

Ce début d'année, le réseau a franchi un second cap symbolique en rendant publiques les données pour une trentaine de stations d'épuration - pour lesquelles les informations brutes obtenues ont pu être consolidées : elles tiennent compte de différents facteurs de variation comme les flux de populations, la dilution des eaux usées par des eaux parasites, les propriétés physico-chimiques, etc.

Les courbes de tendances réalisées seront ensuite actualisées deux fois par semaine. Elles devraient progressivement couvrir l'ensemble des stations présentes dans le réseau, au fur et à mesure de la consolidation des données de chaque station.

Cette ouverture à tous a été facilitée par la loi pour une République numérique dite loi Lemaire. Celle-ci impose aux administrations de publier en ligne les données qui présentent un intérêt économique, social, sanitaire ou environnemental. Jusqu'à présent, dans le cadre du projet de recherche, les données étaient uniquement fournies aux collectivités partenaires et aux agences régionales de santé (ARS). Le réseau Obepine avait en effet signé avec ces dernières une charte de confidentialité, pour que les résultats obtenus ne soient pas diffusés publiquement sans leur accord.

Un marché convoité

«L'objectif d'Obepine est de constituer un réseau national de manière à permettre une vision homogène des données selon les territoires, souligne Vincent Maréchal. Le réseau s'appuie sur neuf laboratoires de différentes tutelles pour fournir gratuitement cette cartographie ».

Cet intérêt pour le suivi du virus dans les eaux usées a également piqué des acteurs privés. Plusieurs entreprises ont ainsi proposé en parallèle des offres commerciales de surveillance de la circulation du virus aux collectivités.

Avec la découverte de variants du Sars-COV-2 notamment au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Danemark, tous les regards se portent désormais sur l'identification de ces derniers dans les eaux usées. « Deux approches sont possibles avec les variants : lorsque nous connaissons leurs mutations, qui constituent une sorte de carte d'identité, sur cette base nous pouvons établir des stratégies pour les repérer avec une approche de RT-PCR ciblée, explique Vincent Maréchal, membre d'Opebine. Mais cette technique ne donne pas la carte d'identité du variant, il faudra pour cela passer par le séquençage. L'intérêt est de trouver des variants qui n'ont pas encore été décrits. Cette option est beaucoup plus lourde, plus chère ».

Certains ont choisi de miser sur ce séquençage dont un groupe de partenaires qui inclut notamment l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) de Sophia-Antipolis et Veolia. « Nous commençons notre collaboration avec Veolia, indique Pascal Barbry directeur de recherche CNRS à l'IPMC. Nous avons toutefois une expérience avec la ville de Nice plus ancienne : depuis le mois d'octobre, nous regardons pour une vingtaine de sites l'évolution des différentes souches qui sont présentes. Au mois de janvier, nous avons constaté la montée de mutations qui n'étaient jusqu'alors pas observées ».

Les particularités du milieu des eaux usées impliquent toutefois une prudence dans l'analyse. « La difficulté d'un séquençage dans les eaux usées est que nous nous retrouvons face à des mélanges : rien ne vous dit que la mutation retrouvée à un endroit est sur le même virus que la mutation située à un autre endroit. De la même manière, les génomes viraux sont probablement fragmentés, pointe Vincent Maréchal. Nous allons pouvoir évaluer la proportion relative des mutations et éventuellement en déduire que cela correspond au variant qui circule dans la population mais cela va s'arrêter là. Une autre limite est la quantité de virus dans les eaux usées : si les quantités sont très faibles nous aurons du mal à séquencer correctement ».

Quelle utilisation de cet indicateur ?

Au niveau européen, les approches sur la surveillance du Sars-COV 2 sont assez variées. Un des pays qui s'appuie le plus sur ce suivi dans les eaux usées est les Pays-Bas. Depuis juin, son Institut national de la santé publique et de l'environnement (RIVM) examine les échantillons d'eaux usées provenant des 274 points de mesures. Ce sont les autorités régionales de l'eau qui se chargent des prélèvements au moins une fois par semaine. Les données alimentent ensuite le tableau de bord national d'aide à la décision. « Nous examinons le nombre de particules virales présentes dans les eaux usées pour 100 000 habitants dans une zone spécifique, indique le ministère de la santé néerlandais. Ces mesures des eaux usées complètent les résultats d'autres études menées par le RIVM pour surveiller le coronavirus SARS-CoV-2 - par exemple, combien de personnes ont été testées positives et dans quelle zone. Dans le même temps, nous espérons que cette recherche nous permettra de détecter une résurgence du virus dans certaines parties des Pays-Bas à un stade plus précoce. Une détection précoce permettrait au Service municipal de santé publique (GGD) et à la sécurité de la région de mener des enquêtes complémentaires ou de prendre des mesures. Un protocole à cet effet est en cours d'élaboration ».

Pour les Pays-Bas, le suivi dans les eaux usées n'est pas nouveau : des tests avaient déjà été réalisés pour surveiller les poliovirus ainsi que les bactéries résistantes aux antibiotiques. « La construction de l'indicateur a été plus lente en France, reconnaît Vincent Maréchal. L'organisation des dispositifs eaux usées en France est très morcelée, nous avons également des gros opérateurs, Suez, Veolia, la Saur …Nous avons perdu du temps pour répondre aux différentes conditions posées. Plusieurs mois ont été nécessaires pour convaincre de l'intérêt de l'approche et obtenir un soutien financier. Il y a eu aussi à un moment un manque de pilotage institutionnel. Et nous avons également pris le temps nécessaire pour l'analyse et la calibration de la méthode ».

Reste désormais à voir comment sera intégré cet indicateur dans la stratégie de gestion de l'épidémie en France.

Réactions1 réaction à cet article

 

Le réseau OBEPINE est assurément un outil très important pour surveiller les progressions de la Covid. OBEPINE c'est beaucoup plus piquant que le cactus ARS Pays de Loire le "RAS local " , selon https://actu.fr/pays-de-la-loire/nantes_44109/depuis-neuf-mois-l-epidemie-de-covid-19-se-lit-dans-les-eaux-usees-a-nantes-et-l-ars-l-ignore_38766009.html Y.M. Vandamme ARS 49- Angers « Le caractère prédictif n’est pas très intéressant. L’intérêt épidémiologique est assez limité. » Pas d'intérêt à regarder la progression de la COVID dans les échantillons prélevés à la STEP Rezé ? Déjà en 2016, l' ARS n'avait pas vu que les maisons du bois Chabot et Bouguenais étant à 100 m de ERENA Californie, il fallait faire l'étude pollution par inhalation, ingestion. Projet écocombust Cordemais : avis favorable aussi ! Ste Pazanne ? pas d'études supplémentaires.. Pas d'intérêt à considérer les fumées très peu contrôlées de Total-Donges, Yara, EDF SA Cordemais.., ni leurs rejets dans la Loire ? ni les lignes THT des champs d'éoliennes qui y convergent ?

J Cl M 44 | 05 février 2021 à 10h02
 
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