Jusqu'à présent établissement public industriel et commercial (EPIC), Voies navigables de France (VNF) est depuis, le 1er janvier 2013, un établissement public administratif (réforme fixée par la loi).

Il garde toutefois la possibilité de disposer de personnels de droit privé dans un cadre fixé, hors exploitation.

Ce changement de statut s'accompagne d'une affirmation et précision de certaines missions. Ainsi, VNF gère l'exploitation de l'énergie hydraulique, assure la gestion hydraulique des voies et doit contribuer au report modal aussi bien sur le réseau principal que secondaire. Depuis le 26 janvier 2012, il procède à des opérations d'aménagement ou de développement des voies connexes à ses missions ou complémentaires de celles-ci.

Les gestionnaires de la voie d'eau peuvent prendre les mesures temporaires d'interruption ou de modification des conditions de la navigation rendues nécessaires par des incidents d'exploitation, des travaux de maintenance ou des événements climatiques. Les services de Voies navigables de France sont mis à la disposition du préfet pour l'exercice de ses pouvoirs de police de la navigation intérieure, notamment en cas de crise.

Les anciennes directions interrégionales, directions régionales et délégations locales disparaissent au profit de sept directions territoriales : Nord-Pas-de Calais, Bassin de la Seine (intègre l'ancienne délégation locale de Nantes), Nord-Est (intègre l'ancienne délégation locale de Haute-Marne), Strasbourg, Rhône Saône, Sud-Ouest (intègre les anciennes délégations locales de Dordogne et du Lot et Garonne), Centre-Bourgogne (créée suite à la décision de la région Bourgogne et de l'État de ne pas poursuivre de l'expérimentation de décentralisation des canaux). Cette dernière direction territoriale regroupe les anciennes directions interrégionales du Centre-Est (DDT Nièvre) et les 2 délégations locales de VNF rattachées aux DDT de Côte-d'Or, de Saône et Loire.