Observatoire créé en 1995 dans le cadre du plan national d'action pour les zones humides dont la mise en œuvre a été confiée à l’Ifen. Sa mission est d’assurer le suivi de l’évolution des zones humides d’importance majeure.
Portant à l’origine sur 87 zones, le périmètre d’étude de l’ONZH s'est étendu à 152 zones humides d’importance majeure se répartissant en 4 types : littoral atlantique, de la Manche et de la mer du Nord ; littoral méditerranéen ; vallées alluviales ; plaines intérieures. S'y ajoutent 52 massifs à tourbières.
Les zones à l'étude sont représentatives des différents types d’écosystèmes présents sur le territoire métropolitain, tant du point de vue de la diversité écologique des milieux que des services socio-économiques rendus.
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