Fabrication de matières fertilisantes
Les boues peuvent être transformées en produit fertilisant. Pour ce faire, la réglementation impose une homologation de la procédure et du produit obtenu.

Enfouissement en CET de classe II
Ultime recours, cette pratique coûteuse est restreinte depuis 2002, et soumise à des règles de bonne pratique, telles qu'un seuil réglementaire de siccité de 30%.

Incinération
Incinération ou co-incinération des boues avec des ordures ménagères dans un four. Cela a un coût, mais fournit de la chaleur valorisable par exemple dans la production d'eau chaude.

Le Syndicat des Eaux et de l’Assainissement du Bas-Rhin a testé avec succès un système de comptage des boues.

La production de boues d’épuration et leur valorisation sont des points majeurs dans le cycle de l’eau. Application concrète d’une meilleure connaissance de la production des boues avec le Syndicat des Eaux et de l’Assainissement du Bas-Rhin qui a mis en place un système de comptage avec la société Endress+Hauser.

Autres filières en développement
Outre la digestion anaérobie/méthanisation et le séchage solaire, d'autres voies d'élimination/valorisation sont à l'étude : la gazéification, la pyrolyse, l’oxydation par voie humide, en intrant de cimenterie, l'introduction dans des matériaux de construction, les filtres plantés de roseaux.