Selon la première évaluation de l'état de conservation des habitats et des espèces les plus menacés à l'échelle européenne (2001-2006) ¹, un habitat sur six et une espèce sur cinq seraient en bon état de conservation en France. Les situations les plus défavorables sont observées pour les habitats marins, littoraux, dunaires, aquatiques et humides ainsi que pour les amphibiens, les poissons et les mollusques, selon une note du Commissariat général au développement durable d'avril 2010.

Trois quarts des habitats concernés en France (131 au total) sont dans un état de conservation défavorable (41 % dans la classe mauvais état de conservation, 35 % dans la classe inadéquat) contre 17 % seulement dans un état favorable, valeur analogue à celle observée au niveau européen. La région Atlantique affiche les plus mauvais résultats (53 % d'habitats classés en mauvais états), les pressions étant multiples (agriculture, urbanisation du littoral, aménagement de vallées alluviales…). La région continentale est aussi fortement affectée avec la moitié de ses habitats en mauvais état de conservation. Concernant l'état de conservation des espèces (290 espèces concernées en France), ces deux régions affichent les plus mauvais résultats d'Europe.
En revanche, les Alpes et les Pyrénées montrent la plus forte proportion d'habitats favorables en France comme au niveau européen.

Première évaluation de ce type, cette étude devrait servir de référence pour les prochaines observations (2007-2012).