Avant d'être conseiller social au cabinet du Premier ministre, Eric Aubry a exercé de nombreuses fonctions au sein des ministères sociaux : il a notamment été en charge de la négociation collective à la direction des relations du travail, directeur de cabinet du ministre délégué à l'emploi et aux relations de travail, Inspecteur général des affaires sociales.

Il a également une grande expérience des relations européennes acquise comme conseiller social à l'ambassade de France en Grande Bretagne puis à la Représentation permanente auprès de l'Union européenne.