Désormais, les préfets auront autorité sur six établissements publics. Le décret du 18 avril 2012 les a nommé délégués territoriaux de l'Agence nationale pour la rénovation urbaine (Anru), de l'Établissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer), du Centre national du développement du sport (CNDS), de l'Agence nationale de l'habitat (Anah), de l'Agence nationale pour la cohésion sociale et l'égalité des chances (ACSé) et de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (Ademe). Ils coordonneront les actions de ces dernières avec celles conduites par les administrations ou d'autres établissements publics de l'Etat. Les préfets représenteront l'établissement dans la région ou le département : ils pourront donc recevoir une délégation de pouvoir pour négocier et conclure des conventions avec les collectivités territoriales et leurs groupements. En l'absence de celle-ci, ils contresigneront ces conventions. Autre nouvelle mission : ils participeront également à l'évaluation des directeurs des six établissements publics.

Selon les syndicats de l'Ademe, "le décret va détruire les liens privilégiés que l'Ademe a créé par son positionnement spécifique et original avec les services de l'Etat et les collectivités territoriales". Le risque pour eux - le préfet étant le représentant de l'Etat - il pourrait inciter à ce que des actions aidées soient réalisées dans une collectivité plutôt qu'une autre. L'Ademe devrait saisir le conseil d'Etat prochainement.