Le décret n° 2016-1619 du 29 novembre 2016 établit les modalités de contribution obligatoire à l'inventaire du patrimoine naturel et modifie le code de l'environnement. Il introduit une section 2 au chapitre Ier du titre Ier du livre IV de sa partie réglementaire, dédiée à cet inventaire.

L'article D. 411-21-1 précise que la saisie ou le versement des données brutes de biodiversité s'effectue via un téléservice créé par arrêté du ministre chargé de la protection de la nature. Ces données doivent être collectées selon des référentiels techniques approuvés par ce même ministre, incluant des méthodes de production, validation et diffusion. La transmission des données est obligatoire avant le début d'une procédure impliquant un plan, schéma ou projet d'aménagement soumis à participation du public, ou avant leur approbation si aucune consultation publique n'est requise.

L'article D. 411-21-2 désigne les acteurs responsables du contrôle et de la validation des données : les services régionaux de l'État chargés de l'environnement, l'Agence française pour la biodiversité et, en dernier recours, le Muséum national d'histoire naturelle. Ces organismes vérifient et corrigent les données avant leur intégration dans l'inventaire.

L'article D. 411-21-3 encadre la diffusion des données. Celle-ci peut être restreinte si les informations figurent sur une liste arrêtée par le préfet de région, après avis du conseil scientifique régional du patrimoine naturel et du Muséum, ou s'il existe un risque d'atteinte aux espèces ou éléments concernés. Dans ces cas, les données sont diffusées à une échelle non précise ou sous condition de non-divulgation de leur localisation.

L'article 2 fixe l'entrée en vigueur des articles D. 411-21-1 et D. 411-21-2 au 31 décembre 2017. Le décret s'applique aux maîtres d'ouvrage, bureaux d'études et associations, et vise à structurer la collecte et la gestion des données de biodiversité pour alimenter l'inventaire national.