Conformément à la demande du gouvernement, un audit externe a été réalisé concernant la gestion financière d'Eco-emballages. Mené par le cabinet Deloitte, l'audit confirme le placement d'une partie de la trésorerie sur des paradis fiscaux. Potentiellement Eco-emballages pourrait perdre jusqu'à 70 millions d'euros. L'audit confirme également une gestion générale maladroite de l'éco-organisme avec des placements risqués mais à faible rendement.

L'Eco-organisme a présenté ces résultats aux différentes parties prenantes dont l'Etat lors de la commission d'agrément et prévoit d'engager des suites judiciaires au civil.

En attendant Eco-emballages dit avoir procédé à un renforcement des procédures internes afin d'éviter à l'avenir tout placement financier risqué et a provisionné 50 millions d'euros afin de faire face aux prévisions les plus pessimistes de pertes.