Quels sont les pouvoirs du préfet lorsqu'une dérogation à l'interdiction de destruction d'espèces protégées délivrée pour permettre l'exploitation d'une installation classée (ICPE) est annulée par une décision judiciaire ? Par un arrêt (1) du 28 avril 2021, le Conseil d'État précise qu'il appartient au représentant de l'État de mettre en demeure l'exploitant de régulariser sa situation dans un délai déterminé. Et, le cas échéant, d'édicter des mesures conservatoires, qui peuvent aller jusqu'à la suspension de l'installation, jusqu'à ce qu'il ait statué sur une demande de régularisation.
Si le préfet est saisi d'une telle demande, il doit statuer en tenant compte de la situation « de droit et de fait » applicable à la date laquelle il se prononce en tirant les conséquences de l'annulation de la dérogation « espèces protégées ». Ce qui peut le conduire à abroger l'autorisation d'exploiter l'installation classée.
Que peut faire le préfet si les travaux déjà réalisés ne justifient plus la délivrance d'une dérogation « espèces protégées » ? Autrement dit, si les espèces protégées sont détruites. Il incombe alors au préfet de rechercher si l'exploitation peut légalement être poursuivie en imposant des prescriptions complémentaires par une modification de l'autorisation environnementale ou une nouvelle autorisation, juge le Conseil d'État. Ces prescriptions complémentaires devront comporter les mesures de compensation qui étaient prévues par la dérogation annulée « mais également, le cas échéant, des conditions de remise en état supplémentaires tenant compte du caractère illégal des atteintes portées aux espèces protégées ». Le préfet pourra aussi réduire la durée d'exploitation de l'installation.
