Les sciences participatives, ce n'est pas que pour les amateurs de nature. Le monde agricole s'en empare également. A travers l'observatoire agricole de la biodiversité, les agriculteurs sont invités à appliquer des protocoles d'observation de la biodiversité ordinaire. Ce projet a démarré en 2009 pour répondre à un manque avéré d'indicateurs de suivi de l'état de la biodiversité en milieu agricole, en lien avec les pratiques. Quatre protocoles sont actuellement proposés concernant des taxons choisis pour leur lien avec l'agriculture : observation de papillons, d'invertébrés terrestres, d'insectes pollinisateurs et de vers de terre.

Aujourd'hui, l'initiative s'enrichit de 22 sites de démonstration de mise en œuvre de ces quatre protocoles. Vingt-deux établissements d'enseignement agricole ont signé une convention avec le ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation. Ils ont ainsi reçu un certificat les intégrant dans ce nouveau dispositif pour trois ans.