Côté nouveauté, le nouveau règlement impose l'indication du lieu où les produits ont été cultivés, y compris pour les produits importés portant le logo de UE et renforce les règles d'attribution du label : seuls les aliments contenant au moins 95 % d'ingrédients biologiques pourront être étiquetés comme étant biologiques, au lieu des 70% précédemment.
Cependant, ce règlement a retenu le seuil de contamination OGM de 0,9% alors que les parlementaires proposaient 0,1%. Autrement dit un aliment contenant un peu moins de 0,9% d'OGM pourra être labellisé « agriculture biologique ».
Cette mesure est fortement déplorée par les professionnels de l'agriculture biologique à l'image de ProNatura, spécialiste européen des fruits et légumes bio : ce seuil correspond à la réglementation générale en matière d'étiquetage OGM. Le seuil de détection des laboratoires étant communément de 0,1 %, il aurait été plus cohérent avec les garanties d'exigence des filières biologiques, estime ProNatura.
La filière biologique déplore également que le règlement européen interdise aux Etats membres d'adopter des règles plus strictes surtout en matière d'élevage, et particulièrement pour ce qui concerne le lien au sol. C'était le cas du précédent règlement, qui tenait un meilleur compte des particularités nationales ou régionales, qu'elles soient d'ordre climatique ou culturel,explique ProNatura.
Sachant que l'application de la nouvelle réglementation nécessitera un temps d'adaptation, ProNatura mise sur les difficultés pratiques que rencontreront sans doute les professionnels de la filière pour la faire évoluer.