Après l'obtention du doctorat vétérinaire, Bernard Vallat suit un enseignement post-universitaire en médecine vétérinaire tropicale (1972), puis en alimentation animale à l'Institut national agronomique de Paris (1973). Il complétera cette formation scientifique, en 1983, par une spécialisation en économie et management, sanctionnée par un diplôme d'études supérieures spécialisées en économie du développement à l'Université de Paris X.

Il entre, par concours, dans la fonction publique d'Etat en 1973, en qualité de vétérinaire inspecteur. Il travaille pendant dix-sept années dans le cadre de la coopération multilatérale et bilatérale française dans plusieurs pays d'Afrique centrale et de l'Océan indien. Il s'y consacre aux actions concernant la santé et la production animales et la formation des éleveurs, qu'il conduit sur le terrain pendant six ans, avant de les organiser et d'en assurer le suivi, au plan national puis au plan régional.

Rappelé en France par le Ministère des affaires étrangères et de la coopération en 1990, il est alors, notamment, chargé des négociations internationales relatives au montage de projets en co-financement avec les organisations internationales spécialisées, intéressant trente pays d'Afrique, d'Asie et de la Caraïbe. Son domaine d'activités, initialement limité à la production et à la santé animales, s'élargit ensuite à l'intérieur de ce ministère aux questions phytosanitaires ainsi qu'aux productions et marchés agricoles et, enfin à la recherche agronomique, aux politiques agricoles, industrielles et artisanales, ainsi qu'au tourisme et à la formation des entreprises et de la promotion des échanges de produits entre le Sud et le Nord.

Il réintègre en 1994 le Ministère de l'agriculture, de la pêche et de l'alimentation pour diriger la Mission de coordination sanitaire internationale de la Direction générale de l'Alimentation, et il est promu, un an plus tard, Chef des services vétérinaires officiels français (C.V.O) avec le titre de Directeur général adjoint de l'alimentation. Le Docteur Vallat est élu Président de la Commission du Code zoosanitaire international de l'Organisation mondiale de la santé animale de 1997 à 2000. Les travaux conduits sous sa présidence, dans le cadre des priorités et des besoins exprimés par le Comité international de l'OIE, compte tenu notamment de la mise en œuvre de l'accord SPS de l'OMC, se sont concrétisés en deux ans par l'adoption de plus de vingt nouveaux textes normatifs.

Inspecteur Général de Santé Publique Vétérinaire de classe exceptionnelle, il est titulaire de plusieurs distinctions : Officier de la Légion d'honneur et Chevalier de l'Ordre national du mérite français, il est également Officier du Mérite Agricole en France et dans d'autres pays.