Cette certification est plus précisément basée sur un référentiel organisé en plusieurs thèmes (maîtrise de l'énergie et réduction de l'effet de serre, choix des matériaux, confort et santé, etc). Chaque thème regroupe une série de rubriques qui font l'objet d'une notation de 1 à 5 de la part de Cerqual, 5 représentant la meilleure note. C'est une certification à profil permettant l'adaptation du référentiel aux contraintes et exigences du constructeur. La certification de type profil A est délivré lorsqu'au minimum la note 3 est attribuée à l'ensemble des rubriques et thèmes. Les profils moins exigeants dispensent de certains thèmes, mais trois d'entre eux sont toujours exigés : management environnemental de l'opération, maîtrise de l'énergie et formation aux « gestes verts ».
Lancée en avril 2003, la certification « Habitat et Environnement » a été sollicitée pour plus de 700 opérations immobilières mais n'a été délivrée qu'à 70 d'entre elles soit l'équivalent de 2300 logements. 59% des certifications concernent le profil A, le plus exigeant.
Face à un engagement de plus en plus marqué de la part des collectivités souhaitant aller plus loin dans leurs prescriptions et des maîtres d'ouvrage désirant afficher leurs différences et leurs efforts, Cerqual renforce ses critères de certification. L'association propose désormais une certification « Habitat et Environnement Performance ». Cette option permet de valoriser les opérations pour lesquelles les promoteurs ou maîtres d'ouvrage se sont engagés sur des niveaux plus élevés que la certification de base. Pour obtenir la certification avec l'option « performance » l'opération doit correspondre au profil A et les rubriques de certains thèmes doivent toutes atteindre la note de 4 ou 5 : maîtrise de l'énergie, choix de la filière constructive et choix des matériaux, l'eau, le confort et la santé et « gestes verts » ou éco-citoyens.
Pour s'intégrer au mieux dans la politique nationale du logement et de lutte contre l'effet de serre, Cerqual a prévu que cette certification prenne en compte prochainement les nouvelles exigences de la réglementation thermique 2005 et les diagnostics de performance énergétique.