Le 9 mai 2018, le Conseil d'Etat mettait en demeure le chef du gouvernement de dresser une liste limitative des habitats naturels à protéger conformément à une disposition de la loi Grenelle 2 restée inappliquée. La Haute juridiction donnait six mois au Premier ministre pour s'exécuter sous astreinte de 500 euros par jour de retard.
Le gouvernement a publié ce 21 décembre, avec plus d'un mois de retard par rapport à cette échéance, les textes réglementaires permettant de répondre à cette injonction. Le dispositif est composé d'un décret relatif à la protection des biotopes et des habitats naturels, complété par deux arrêtés du ministre de la Transition écologique.
Trois outils préfectoraux
Le décret publié a un double objectif. En premier lieu, il donne la possibilité aux préfets de prendre des arrêtés de protection des habitats naturels (APHN) en tant que tels. C'est-à-dire sans que ces espaces abritent nécessairement des espèces protégées. Ce nouvel outil mis à disposition des représentants de l'Etat s'ajoute à deux outils préexistants : les arrêtés de protection de biotopes (APB) et les arrêtés de protection de sites d'intérêt géologique ou "géotopes" (APG). Ces trois outils préfectoraux s'ajoutent eux-mêmes à une série de dispositifs qui vont du parc national ou de la réserve naturelle, qui offrent une protection réglementaire stricte, aux sites Natura 2000 fondés sur une approche contractuelle et volontaire.
En second lieu, le décret étend à compter du 1er juin 2019 le champ d'application des arrêtés préfectoraux de protection des biotopes à des milieux d'origine artificielle : bâtiments, ouvrages, mines et carrières en fin d'exploitation, à l'exception des habitations et des bâtiments à usage professionnel. "Cette extension est nécessaire dans la mesure où de nombreux chiroptères (chauve-souris) trouvent refuge dans des combles d'églises, des carrières ou encore des mines", explique le ministère de la Transition écologique. Le texte transfert par ailleurs la compétence pour prendre les arrêtés de protection de biotopes sur le domaine public maritime du ministre chargé de la pêche maritime au préfet de département.
156 types d'habitats différents
La liste des habitats métropolitains pouvant faire l'objet d'un APHN est fixée par un arrêté du ministre de la Transition écologique paru simultanément. Elle reste à compléter par une liste spécifique aux territoires ultra-marins.
Les deux projets de textes ont recueilli un nombre considérable de contributions à l'occasion de la consultation publique sur le site dédié du ministère de la Transition écologique : plus de 400 pour le décret et plus de 200 pour l'arrêté. Plusieurs contributions questionnaient le fondement scientifique retenu pour établir la liste des habitats naturels, certains la considérant comme trop longue, d'autres au contraire comme insuffisante. Le ministère a finalement choisi de ne pas modifier cette liste qui comprend 156 types d'habitats différents, dont les 130 habitats naturels qui peuvent justifier un classement en zone Natura 2000. S'y ajoutent 19 habitats terrestres (lacs, tourbières, prairies, landes, forêts) et sept habitats marins (sables, vases, jardins de coraux).
Cette de liste de 26 habitats, complémentaire de la liste Natura 2000, a été élaborée par le Muséum national d'histoire naturelle (MNHN) qui s'est appuyé sur des travaux scientifiques de longue date. Elle a été jugée pertinente par le Conseil national de la protection de la nature (CNPN), justifient les services du ministère.
Possibilité de déroger aux mesures de protection
Concernant la procédure d'adoption des APHN, plusieurs contributeurs ont réclamé des consultations locales complémentaires, en particulier des propriétaires fonciers et des fédérations de chasseurs. Le ministère a refusé de faire droit à ces demandes, mettant en avant les garanties apportées par les différentes consultations déjà prévues : public, commission départementale de la nature, des paysages et des sites (CDNPS), chambre départementale d'agriculture, Office national des forêts (ONF), délégation régionale du Centre national de la propriété forestière, comité régional des pêches, public...
D'autant que le décret prévoit la possibilité de déroger aux mesures de protection instaurées par le préfet. La procédure de présentation et d'instruction des demandes de dérogation est fixée par un deuxième arrêté ministériel. Le silence du préfet pendant plus de quatre mois sur une telle demande vaut rejet de la demande. L'octroi d'une dérogation doit être motivé, préciser ses conditions et doit être rendu public via une publication au recueil des actes administratifs du département.
Dans un souci "d'harmonisation et de cohérence", le ministère de la Transition écologique indique que le nouveau dispositif réglementaire applicable aux habitats naturels est calqué sur celui applicable à la protection des espèces. Pas sûr que cela soit de nature à rassurer ceux qui critiquent le dispositif des dérogations à l'interdiction de destruction des espèces protégées.