L'association Amorce, regroupant des collectivités, des entreprises et des associations dans les secteurs de l'énergie et des déchets, n'est pas totalement satisfaite des modalités d'octroi des aides financières versées dans le cadre du fonds chaleur.
Géré par l'ADEME, le Fonds chaleur doit permettre de développer la chaleur renouvelable grâce à un budget d'1 milliard d'euros sur 3 ans. L'ADEME a décidé d'innover dans sa façon d'octroyer les subventions : 25% des aides seront versés lors de la sélection du projet. L'aide restante sera répartie sur 5 ans (15%/an) au prorata de la production thermique réelle des installations. Dans tous les cas, l'ADEME s'engage à ce que le niveau de l'aide garantisse un prix de la chaleur renouvelable 5% moins cher que le gaz au tarif d'aujourd'hui et ce pendant 5 ans.

Or Amorce y voit un moyen de limiter l'économie à 5% par rapport au prix des énergies conventionnelles. Ce système ne marque donc pas la rupture et le signal-prix attendus et se situe plutôt dans le prolongement de l'ancien système d'aide de l'ADEME qui n'était clairement pas à la hauteur des nouveaux enjeux du Grenelle, estime l'association qui avait proposé une « prime au MWh renouvelable » complémentaire aux aides à l'investissement existantes. Doutant de l'efficacité du Fonds chaleur, l'association demande que soit inscrite dans la loi Grenelle II, la mise en place d'une évaluation annuelle et le réexamen de l'ensemble des dispositifs de soutien dès 2010 au cas où le rythme de développement des projets ne correspondrait pas à la courbe de croissance nécessaire pour atteindre les objectifs du Grenelle.