Cet avis définit les méthodes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons pour la surveillance de l'état écologique et chimique des eaux de surface en France. Il abroge et remplace un précédent avis publié en 2022 et s'applique conformément à l'arrêté du 25 janvier 2010 relatif au programme de surveillance de l'état des eaux.

Pour les cours d'eau, le texte détaille les méthodes spécifiques selon les éléments biologiques étudiés : phytoplancton, phytobenthos (diatomées), macrophytes, faune benthique invertébrée, et ichtyofaune. Chaque élément est abordé avec des normes et protocoles adaptés à la métropole et aux départements d'outre-mer (DOM), incluant des guides méthodologiques spécifiques pour la Guadeloupe, la Martinique, La Réunion, Mayotte et la Guyane. Les éléments physico-chimiques et chimiques suivent des guides publiés par le ministère de la Transition écologique.

Les éléments hydromorphologiques des cours d'eau sont évalués via des méthodes comme CARHYCE pour la caractérisation hydromorphologique et AURAH-CE pour un audit rapide. Le régime hydrologique s'appuie sur le réseau de mesures national HYDRO et des outils de reconstitution des chroniques hydrologiques. La continuité écologique est analysée à travers le Référentiel des Obstacles à l'Écoulement (ROE) et la méthode ICE.

Pour les plans d'eau, les méthodes concernent le phytoplancton, les macrophytes, la faune benthique invertébrée, et l'ichtyofaune. Les éléments physico-chimiques et chimiques suivent les mêmes principes que pour les cours d'eau. Les éléments hydromorphologiques incluent des protocoles pour les berges, les habitats des rives, la bathymétrie et les sédiments, avec des adaptations pour les DOM.

Concernant les eaux littorales, le texte précise les méthodes pour le phytoplancton, les macro-algues, les angiospermes, et les invertébrés benthiques. Les protocoles varient selon les façades maritimes (Manche, Atlantique, Méditerranée) et les DOM. Les éléments physico-chimiques et chimiques incluent des mesures de température, salinité, transparence, oxygène dissous, nutriments et contaminants chimiques, avec des techniques spécifiques comme les échantillonneurs intégratifs passifs.

Enfin, les éléments hydromorphologiques des eaux littorales sont surveillés via des indicateurs de pressions anthropiques, incluant la perte d'habitats, les modifications des échanges sédimentaires et des apports d'eaux douces. Des inventaires exhaustifs des ouvrages côtiers et des surfaces de petits fonds sont également réalisés pour le bassin Rhône Méditerranée Corse.