Ce document d'orientation de la Commission européenne précise les dispositions des articles 5 et 9 de la directive 2009/147/CE concernant la conservation des oiseaux sauvages (directive « Oiseaux »). Il n'est pas juridiquement contraignant et ne crée pas de nouvelles obligations.

L'article 5 impose aux États membres d'établir un régime général de protection de toutes les espèces d'oiseaux sauvages, comportant plusieurs interdictions : tuer ou capturer intentionnellement des oiseaux, détruire leurs nids ou œufs, ramasser des œufs, perturber significativement les espèces (notamment durant la reproduction), ou détenir des espèces non chassables. Le document précise la notion d'intentionnalité : elle couvre non seulement les actes délibérément nuisibles, mais aussi ceux impliquant l'acceptation d'un risque de nuisance. Il insiste sur l'importance des mesures préventives, qui, lorsqu'elles sont efficaces, permettent de poursuivre des activités économiques sans recourir à une dérogation, réduisant ainsi la charge administrative. Des exemples sectoriels sont fournis : énergie éolienne, lignes électriques, bâtiments, agriculture, foresterie, pêche, chasse, aviation, loisirs.

L'article 9 encadre les dérogations aux interdictions, sous trois conditions cumulatives : absence d'autre solution satisfaisante, existence d'un motif prévu (santé et sécurité publiques, sécurité aérienne, prévention de dommages importants aux cultures, forêts, pêcheries ou eaux, protection de la faune et la flore, recherche, ou exploitation sélective en petites quantités), et respect d'exigences techniques précises. Les dérogations doivent rester compatibles avec le maintien des populations à un niveau satisfaisant. Les États membres en rendent compte annuellement à la Commission, qui en surveille les effets cumulatifs via l'outil numérique HaBiDeS+.

Le document comporte deux annexes portant respectivement sur la Bernache nonnette et le Grand Cormoran, espèces dont les populations ont considérablement augmenté et dont la gestion des conflits avec les activités humaines, notamment agricoles et halieutiques, nécessite un cadre coordonné de dérogations, y compris à l'échelle des voies de migration dans le cadre de l'AEWA.