Cette instruction technique du Secrétariat général du ministère de l'Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire (MAASA) précise les modalités d'application des nouvelles prérogatives des préfets à l'égard des opérateurs sous tutelle du ministère, en application du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 modifié, notamment par le décret n° 2025-723 du 30 juillet 2025.

L'instruction s'inscrit dans le cadre de la relance de la déconcentration et du renforcement du rôle du préfet comme échelon de pilotage territorial. Elle distingue les opérateurs selon qu'ils disposent ou non de délégations territoriales, et selon que le préfet en est ou non le délégué territorial. Les opérateurs concernés sont : l'Agence Bio, l'ASP, le CNPF, FranceAgriMer, l'IFCE, l'INAO, l'ODEADOM et l'ONF. Des dérogations sont prévues, notamment pour les fonctions d'organisme payeur des aides de la PAC confiées à l'ASP, ainsi que pour les activités industrielles et commerciales de l'ONF.

L'instruction détaille six catégories de prérogatives nouvelles ou renforcées des préfets :

1. Nominations, affectations et mutations : le préfet est consulté préalablement, avec un délai de réponse précisé dans le texte.
2. Participation aux objectifs et évaluation : les préfets contribuent à la fixation des objectifs des responsables territoriaux et émettent un avis sur leur part variable, dans le cadre des plans pluriannuels territoriaux.
3. Interventions financières significatives : le préfet est consulté ou informé préalablement selon qu'il est ou non délégué territorial de l'opérateur concerné.
4. Information préalable sur décisions importantes : les opérateurs informent le préfet de toute décision susceptible d'affecter une politique de l'État sur le territoire, notamment en cas de réorganisation ou de nouveaux partenariats avec des collectivités.
5. Réexamen de décisions : le préfet peut demander le réexamen d'une décision prise par un opérateur ayant une incidence dans sa circonscription, avec effet suspensif limité à l'ODEADOM et FranceAgriMer.
6. Bilan d'activité annuel : chaque opérateur transmet un bilan synthétique au préfet compétent.

Des fiches détaillées par opérateur précisent, pour chacun, les procédures applicables, les points de contact et les coordonnées à utiliser.