Cette instruction technique du Secrétariat général du ministère de l'Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire (MAASA) précise les modalités d'application des nouvelles prérogatives des préfets à l'égard des opérateurs sous tutelle du ministère, en application du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 modifié, notamment par le décret n° 2025-723 du 30 juillet 2025.

L'instruction distingue les opérateurs selon qu'ils disposent ou non de délégations territoriales. L'Agence Bio et l'ODEADOM ne présentent pas de délégation territoriale, tandis que l'ASP, FranceAgriMer, l'IFCE, l'INAO, le CNPF et l'ONF en sont dotés. Parmi ces opérateurs, seuls FranceAgriMer et l'ODEADOM ont le préfet comme délégué territorial. Des dérogations sont prévues, notamment pour les fonctions d'organisme payeur des aides de la politique agricole commune (PAC) confiées à l'ASP, ainsi que pour les activités industrielles et commerciales de l'ONF.

Le texte détaille les modalités concrètes de mise en œuvre de plusieurs prérogatives préfectorales : la consultation préalable du préfet avant toute nomination, affectation ou mutation des responsables territoriaux des établissements publics ; la participation du préfet à la fixation des objectifs et à l'évaluation des responsables territoriaux, dans le cadre des plans pluriannuels territoriaux pour l'agriculture, l'agro-alimentaire et la forêt ; la consultation ou l'information préalable sur tout projet de décision d'intervention financière significative au profit d'un acteur local ; l'information préalable sur toute décision susceptible d'affecter une politique de l'État sur le territoire ; la possibilité de demander le réexamen d'une décision prise par un établissement ; ainsi que la transmission d'un bilan annuel d'activité au préfet compétent.

Des fiches par opérateur précisent, pour chacun d'eux, le nombre de représentants territoriaux, le préfet compétent, les procédures antérieures et les nouvelles procédures proposées, ainsi que les coordonnées des points de contact. Une annexe liste l'ensemble des agences territoriales de l'ONF, réparties entre plusieurs directions territoriales couvrant le territoire métropolitain et ultra-marin.