De nombreux thèmes d'intérêts communs existent entre les deux pays, notamment du fait de la proximité entre la loi sur l'eau brésilienne et la loi sur l'eau française ainsi que l'application de la Directive cadre européenne sur l'eau. Le protocole d'accord dresse le cadre d'une collaboration entre les deux organismes par le biais de projets, de formations et d'échanges de professionnels des deux institutions concernées et de leurs partenaires nationaux respectifs, a précisé le Cemagref.
Cette collaboration portera dans un premier temps sur les quatre thèmes suivants : inondations, systèmes d'alerte appliqués aux bassins versants brésiliens et sécurité des ouvrages hydrauliques; convergence entre la Directive cadre sur l'eau de l'UE et le système national de gestion des ressources en eau au Brésil; hydrologie spécialisée; gestion des cours d'eau.