La directive 2003/87/CE établissant un système d'échange de quotas d'émissions de gaz à effet de serre dans la communauté européenne demandait que chaque État membre présente en 2006 son Plan National d'Affectation de Quotas (PNAQ) pour la période du 1er janvier 2008 au 31 décembre 2012. Comme prévu, la France a proposé en septembre 2006 un PNAQ qui s'élevait à 149,72 millions de tonnes de CO2 par an. Mais face à l'avertissement de la Commission européenne précisant qu'elle n'accepterait pas de plans laxistes, la France a demandé un délai pour revoir sa copie qu'elle a soumise comme le veut la réglementation à consultation du public du 13 au 22 décembre 2006. Cette consultation donnait l'occasion à toute personne intéressée et aux exploitants concernés de donner leur avis sur ce nouveau PNAQ qui alloue cette fois-ci 132,8 millions de tonnes de CO2 par an à certaines installations énergétiques et industrielles françaises.

Selon le cabinet PriceWaterHouseCoopers en charge de l'analyse de cette consultation, la participation a été importante compte tenu du délai imparti(10 jours). Plus de 250 remarques ont été adressées au Ministère de l'Écologie et du Développement Durable. Il semblerait que la participation des particuliers soit restée importante même si elle n'a pas été de la même ampleur que lors de la première consultation de juin 2006. Rappelons que les ONG avaient appelé les particuliers à faire massivement les mêmes commentaires en guise de protestation. D'ailleurs, cette méthode a, semble-t-il, été reprise par l'industrie pétrolière puisque PriceWaterHouseCoopers signale que 49% des participants se déclarant « particuliers » ont fourni des réponses similaires voire rigoureusement identiques centrées sur le raffinage. Ainsi, il semblerait que 30% des remarques aient été formulées par des « vrais » particuliers, 29% par des particuliers « pro-pétroliers », 26% par des entreprises ou industriels et 13% par d'autres secteurs comme la recherche, les consultants, etc. Les secteurs du pétrole et de la chimie ont été sans surprise les plus actifs. Globalement les contributions se sont faites à travers des démarches communes et de manières centralisées (ONG, MEDEF).

PriceWaterHouseCoopers estime que la participation a été aussi bien quantitative que qualitative : elle témoigne de l'implication des ONG, des acteurs professionnels et d'une sensibilisation de l'opinion publique aux problématiques de réchauffement climatique. Les contributions peuvent schématiquement être réduites à trois positions : les « pour », les « contre » qui estiment que le plan est trop laxiste et les « contre » qui le trouve trop contraignant.
En effet, les ONG se félicitent des nouveaux quotas et sont suivis par de nombreux particuliers. Selon Edouard Toulouse du WWF-France, ce plan est tout à fait satisfaisant et cohérent. Il évitera les surallocations de quotas constatées actuellement, qui perturbent indiscutablement le fonctionnement du marché européen des quotas et ne conduisent pour le moment à aucune réduction additionnelle des émissions. Pour le Réseau Action Climat, le gouvernement s'est enfin montré responsable sur ce dossier.
Certains particuliers et un industriel estiment que les quotas sont trop laxistes. Les contributeurs en faveur d'une baisse des quotas estiment notamment qu'il faut une pression forte pour faire baisser les émissions et que le prix de la tonne de CO2 doit être plus élevé. Par ailleurs, un particulier juge que les secteurs les plus lucratifs doivent réduire leurs émissions plus vite que les autres secteurs.

Mais très logiquement, les quotas sont jugés trop pénalisants pour l'industrie française selon les industriels, leurs fédérations et certains particuliers. Les industriels trouvent ces mesures d'autant plus disproportionnées qu'ils avaient obtenu après un long processus de négociation des quotas qui leur imposaient déjà de gros efforts. Ils continuent à déplorer que l'effort de réduction des gaz à effet de serre soit supporté que par les secteurs industriels et non partagés par les secteurs des transports et de l'habitation. De manière générale, les entreprises reprochent au projet de plan de freiner la croissance économique, la compétitivité et de provoquer à long terme des délocalisations. Elles sont également mécontentes de la répartition des quotas entre les différents secteurs industriels (métallurgie, raffinage, réseaux de chaleur, énergie, etc). Le secteur du raffinage particulièrement puisqu'il voit ses quotas diminuer de 20% par rapport au PNAQ I.

En revanche de nombreux particuliers, ONG et industriels s'accordent pour dire que la prise en compte des actions précoces et des potentiels de réduction des différents secteurs est insuffisante dans ce PNAQ II. Selon eux, la méthode de calcul employée ne permet pas de valoriser les démarches de réduction volontaires car elle se fixe sur les émissions de l'année 2005. Les industriels déjà actifs en 2005 et auparavant devront faire encore plus d'effort en 2006 alors que le coût des réductions supplémentaires est en général beaucoup plus élevé que les actions de réduction initiales. Certains contributeurs (particuliers et industriels) demandent que soit utilisée la méthode du benchmarking pour fixer les quotas, autrement dit en comparant les différents industriels d'un même secteur, afin de valoriser les comportements pro-actifs.

Mais pour l'instant il n'est pas question de modifier les méthodes de calcul. Le nouveau PNAQ II de la France vient d'être proposé à la commission européenne. Vu qu'il semble plus ambitieux que la première version, tout porte à croire qu'il sera validé par l'Europe.