La directive 2003/87/CE établit un système d'échange de quotas d'émission de gaz à effet de serre dans la Communauté, afin de favoriser la réduction de ces émissions, en particulier de dioxyde de carbone, dans des conditions économiquement efficaces et performantes. Les émissions par les installations énumérées par la directive doivent faire l'objet d'une autorisation préalable et d'une attribution de quotas alloués conformément à des plans nationaux d'allocation (PNA). Si un exploitant parvient à réduire ses émissions, il peut vendre les quotas excédentaires aux exploitants d'installations dont les émissions sont excessives.
En mars 2004, l'Allemagne a notifié à la Commission son PNA pour la période 2005-2007. Ce PNA prévoyait, entre autres, la possibilité de réduire, dans certains cas déterminés, le nombre de quotas alloués à une installation au cours de la période d'allocation. L'Allemagne souhaitait modifier la répartition des quotas de carbone entre ses industries pour que les entreprises, qui au final en avaient trop, puissent les mettre à disposition de celles qui allaient rejoindre le système d'échange ultérieurement. L'Allemagne prévoyait d'autoriser ces « ajustements ex post » notamment lorsque les émissions annuelles d'une installation représentaient moins de 60 % des émissions durant la période de référence, lorsqu'un exploitant débutait l'exploitation d'une nouvelle installation qui remplaçait une ancienne dont la production était plus importante ou encore lorsque le volume de production effectif d'une installation était inférieur à celui initialement prévu. Le PNAQ allemand prévoyait en outre que les quotas retirés seraient réservés et disponibles pour les nouveaux entrants implantés sur le territoire allemand.

Cependant, quelques mois plus tard, la Commission européenne a estimé que les mesures d'ajustement ex post prévues par le PNAQ allemand étaient incompatibles avec la directive, expliquant que ces ajustements décourageraient les investissements et ne permettraient pas de réduire comme prévu les émissions de gaz à effet de serre. Elle a donc demandé leur suppression. Convaincue de son bon droit, l'Allemagne a demandé au Tribunal de première instance des communautés européennes d'annuler cette décision. Après plusieurs années de procédure, le tribunal vient de rendre son jugement. Selon lui, le réajustement ex post des quotas d'émissions n'est pas contraire aux principes défendus par la directive.

Le Tribunal a estimé que le seul fait que les ajustements ex post litigieux soient susceptibles de dissuader les exploitants de baisser leur volume de production et par conséquent leurs taux d'émission, n'est pas suffisant pour remettre en cause leur légalité au regard de l'ensemble des objectifs de la directive. Le Tribunal rappelle en effet qu'outre l'objectif de réduire les émissions de CO2 la directive a également des « sous-objectifs » tels que l'objectif du maintien de conditions économiquement efficaces et performantes, l'objectif de réduction des émissions par voie d'améliorations techniques et l'objectif de la préservation de l'intégrité du marché intérieur et du maintien des conditions de concurrence.
Ainsi la Commission n'a pas su démontrer que ces ajustements étaient contraires à la Directive et le Tribunal estime que la traduction de la directive en droit national autorise ces ajustements. Pour l'instant cette position du tribunal n'a pas de conséquences directes puisque l'Allemagne n'a pas demandé de dérogations pour la période 2008-2012. En revanche, 13 états membres ont déjà demandé une disposition similaire qui a été rejetée par la Commission.
Conformément à la loi, la Commission européenne peut former un pourvoi devant la Cour de justice des Communautés européennes contre la décision du Tribunal, dans les deux mois à venir.