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Éoliennes et atteintes à la biodiversité : les championnes du contentieux (1/4)

Si l’éolien est présenté comme une « énergie propre », nul ne peut plus ignorer les nombreux contentieux liés à la biodiversité que génèrent les parcs avec des impacts sous-évalués, voire niés. La jurisprudence commence à en mesurer l'ampleur.

Publié le 27/05/2026

Malgré leurs nombreux atouts les parcs éoliens terrestres peuvent, selon leur localisation ou leurs conditions d’implantation, d’une part dénaturer le paysage et attenter à la commodité de voisinage (des impacts pouvant être notables, mais non examinés ici), d’autre part représenter une vraie menace pour la biodiversité avec des conséquences majeures, encore sous-estimées, en termes de destruction d’individus et de pertes d’habitats.

Pour commencer, rappelons les atouts en question. Les éoliennes représentent, avec le photovoltaïque, une énergie renouvelable par excellence, non sujette aux conditions de sécheresse (comme pourrait l’être l’énergie hydraulique). Elles contribuent à l’indépendance énergétique d’un pays, contrairement au nucléaire, soumis de plus en plus au contexte géopolitique[1]. Elles ne représentent pas de risques majeurs, comme peuvent en être à l’origine les centrales nucléaires ou les barrages hydroélectriques (dangers de rupture) ; ces risques sont encore fortement augmentés en cas de conflits armés. Les éoliennes produisent peu de déchets[2] contrairement, là encore, au nucléaire et aux barrages (soumis au problème des vidanges). Enfin, elles constituent des sources locales d’énergie, nécessitant pas ou peu de lignes THT (Très Hautes Tensions), contrairement aux deux énergies précitées, par essence très centralisées.

Mais cette technologie, a priori « verte », revêt aussi une face sombre. En termes de biodiversité, les effets négatifs des éoliennes terrestres peuvent affecter lourdement les insectes – complètement négligés dans les études d’impact et l’administration –, les chiroptères, les oiseaux et, dans un degré moindre, la flore, les reptiles et les batraciens. Le sujet sera détaillé les autres volets de l’article. 

Les éoliennes « offshore », que nous ne développerons pas ici, peuvent fortement impacter des populations de cétacés lors des travaux des fondations en mer (forts impacts sonores), ainsi que les oiseaux marins lors de leur exploitation. Surtout si l’on prend en compte les impacts cumulés de tous les parcs qui se déploient sur l’ensemble des littoraux où résident – ou bien transitent – ces espèces, qui parcourent aisément des milliers de kilomètres chaque année. S’ajoutent ponctuellement les lignes de transport d’électricité implantées le long des côtes. De plus, selon une étude récente, 228 substances chimiques sont susceptibles d’être émises par les éoliennes en mer, dont 62 auraient un impact potentiel sur l’environnement[3] Ces dernières proviennent principalement des produits de protection contre la corrosion.

L’énergie championne des conflits

En premier lieu, l’éolien est l’activité industrielle qui connaît le plus fort taux de contentieux – 80 % des décisions préfectorales sont attaquées – formés par des riverains et des associations en cas d’autorisation, par les exploitants en cas de refus. Ainsi, à titre d’exemple en six mois, de janvier à juin 2023, les éoliennes motivaient plus de 200 arrêts de cours administratives d'appel. C’est également l’éolien qui connaît le plus grand nombre de refus d’autorisations de la part des préfets, pourtant habituellement prompts à les accorder quels que soient l’utilité ou les impacts des projets concernés. C’est enfin celle qui se voit opposer le plus d’avis défavorables par les commissaires enquêteurs (qui conduisent les enquêtes publiques) : ce taux d’avis défavorables, qui ne dépasse guère les 2 %, s’élève jusqu’à 30 % pour les éoliennes. Les éoliennes présentent en effet l’inconvénient d’être potentiellement source d’impacts négatifs forts, sans générer d’emplois importants et pérennes, ni même parfois de production électrique significative au regard de la production nationale - et même locale.

En deuxième lieu, à titre exceptionnel, en vertu de l’article R. 311-5 du code de justice administrative créé à cet effet, les cours administratives d’appel sont compétentes, en premier et dernier ressort, pour les contentieux relatifs aux éoliennes. Les tribunaux administratifs sont ainsi évincés. L’objectif de cette réforme est de réduire le délai de traitement des recours pouvant retarder la réalisation de projets d’éoliennes terrestres. Il est, sans doute aussi, de dissuader les recours d’associations : l’assistance d’un avocat, avec les frais associés, est obligatoire devant les cours administratives d’appel, contrairement aux recours pour excès de pouvoir devant les tribunaux administratifs.

En troisième lieu, les éoliennes terrestres ne sont des installations classées pour la protection de l’environnement (ICPE) que depuis août 2011. De ce fait, une partie notable du parc actuel n’a été autorisée qu’au titre du code de l’urbanisme (permis de construire), et non au titre du code de l’environnement. Ainsi, le feu vert aux travaux n’aura été décidé que sur le fondement d’un dossier parfois sommaire, ne bénéficiant souvent d’aucune dérogation à la destruction d’espèces animales non domestiques et de leurs habitats, prévue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement (dérogation « espèces protégées »), ni même de mesures en faveur de la préservation des chiroptères … malgré la destruction quasi-automatique de certaines de ces espèces.

La situation est aujourd’hui différente. En application des dispositions de l’article 15 d’une ordonnance du 26 janvier 2017[4], les permis de construire autorisant les projets éoliens en cours de validité au 1er mars 2017 sont dorénavant considérés comme des autorisations environnementales[5]. Dès lors que cette autorisation environnementale tient lieu de diverses autorisations, au nombre desquelles figure la dérogation espèces protégées, aucun parc éolien n’échappe à ce régime, quel que fût son statut antérieur[6]. Nous y reviendrons.

Dans des décisions toutes récentes, le Conseil d’État a eu l’occasion de conforter sa jurisprudence en la matière, en jugeant qu’« est opérant le moyen tiré de ce que l’autorisation environnementale issue du permis de construire est illégale en tant qu’elle n’incorpore pas, à la date à laquelle le juge administratif statue, une telle dérogation, dont il est soutenu qu’elle était requise pour le projet éolien en cause ». Cette exigence s’impose « à tout moment », dès lors qu’il existe « un risque suffisamment caractérisé pour ces espèces, peu important la circonstance que l’autorisation présente un caractère définitif ou que le risque en cause ne résulte pas d’une modification de cette autorisation »[7]

L’absence de perte nette de biodiversité : un leurre

Compte tenu des impacts potentiels très importants sur la biodiversité, qui seront détaillés dans la seconde partie de cet article, les éoliennes sont confrontées aux exigences de deux articles-clés du code de l’environnement.

L’article L. 110-1 énonce neuf principes, dont le principe d’action préventive et de correction, par priorité à la source, des atteintes à l’environnement. Il s’attache donc à privilégier explicitement ce qu’on appelle par ailleurs l’évitement. « Ce principe implique d’éviter les atteintes à la biodiversité et aux services qu’elle fournit ; à défaut, d’en réduire la portée ; enfin, en dernier lieu, de compenser les atteintes qui n’ont pu être évitées ni réduites, en tenant compte des espèces, des habitats naturels et des fonctions écologiques affectées. Ce principe doit viser un objectif d’absence de perte nette de biodiversité, voire tendre vers un gain de biodiversité ». Cet article, trop peu mobilisé, donne la définition de la biodiversité au sens large et met notamment en valeur les services écosystémiques (cinq occurrences), ainsi que les interactions et les fonctions écologiques (quatre et deux occurrences) ; des notions fondamentales qui ne sont pas reprises dans l’évaluation environnementale. Les principes introduits, au nombre de quatre initialement, par la loi du 2 février 1995 (relative au renforcement de la protection de l'environnement), y ont été progressivement augmentés et été renforcés par l’ajout de cinq engagements, dont celui de concourir à « l’épanouissement de tous les êtres humains » (sic).

L’article L. 163-1 renforce et restreint cette exigence. Il la renforce en la conditionnant à une obligation de résultat et à une durée effective : « Les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité visent un objectif d’absence de perte nette, voire de gain de biodiversité. Elles doivent se traduire par une obligation de résultats et être effectives pendant toute la durée des atteintes. Elles ne peuvent pas se substituer aux mesures d’évitement et de réduction ». Il la renforce encore par une disposition majeure : « Si les atteintes liées au projet ne peuvent être ni évitées, ni réduites, ni compensées de façon satisfaisante, celui-ci n’est pas autorisé en l’état ».

Il restreint d’un autre côté cette exigence en ne l’appliquant pas explicitement aux services écosystémiques et aux fonctions écologiques, et en limitant l’objectif d’absence de perte nette de biodiversité aux seules mesures compensatoires.

Dans l’un comme dans l’autre cas, cette absence de perte nette se révèle en pratique n’être qu’un leurre : ces exigences restent à l’état de principe.

L’évaluation environnementale : le vivant, l’éternel perdant

L’évaluation environnementale est visée par les articles L. 122-1 et R. 122-5 du code de l’environnement, qui se complètent pour partie.

Conformément au droit européen, l’article L. 122-1 précise que « l’évaluation environnementale permet de décrire et d’apprécier de manière appropriée, en fonction de chaque cas particulier, les incidences notables directes et indirectes d’un projet sur les facteurs suivants :

1° La population et la santé humaine ;

2° La biodiversité, en accordant une attention particulière aux espèces et aux habitats protégés [au titre de la directive Habitats et de la directive Oiseaux] ;

3° Les terres, le sol, l’eau, l’air et le climat ;

4° Les biens matériels, le patrimoine culturel et le paysage ;

5° L’interaction entre les facteurs mentionnés aux 1° à 4° ».

Cette disposition, rarement reprise dans les études d’impact, demande notamment d’étudier l’interaction entre de nombreux facteurs, ce que ne mentionne pas, à tort, l’article R. 122-5 relatif à ces études (voir paragraphe suivant). Si son utilité et sa complexité sont réelles pour la biodiversité (notamment par l’importance connexe donnée aux sols et aux terres, comme le souligne l’article L. 110-1 précité), cette interaction est aussi fondamentale pour les commodités de voisinage en termes de santé humaine, de biens matériels, de patrimoine culturel et de paysage.

L’article R. 122-5 détaille en outre les critères à prendre en compte dans les études d’impacts. À savoir notamment une analyse de l’état initial et des impacts prévisibles du projet sur ce milieu, et enfin les mesures prises pour y remédier selon la séquence ERC (Éviter, Réduire et Compenser) :

8° Les mesures prévues par le maître de l’ouvrage pour :

— éviter les effets négatifs notables du projet sur l’environnement (…) et réduire les effets n’ayant pu être évités ;

— compenser, lorsque cela est possible, les effets négatifs notables du projet sur l’environnement (…) qui n’ont pu être ni évités ni suffisamment réduits. S’il n’est pas possible de compenser ces effets, le maître d’ouvrage justifie cette impossibilité ».

Le dernier alinéa vient en contradiction avec l’exigence législative précitée de l’article L. 163-1 : « Si les atteintes liées au projet ne peuvent être ni évitées, ni réduites, ni compensées de façon satisfaisante, celui-ci n’est pas autorisé en l’état ». Sa légalité est dès lors douteuse.

La grande spécificité des projets d’éoliennes est qu’ils conduisent quasi inévitablement à la destruction de biodiversité, quelles que soient les mesures ERC prises, et dont la compensation est impossible (c’est le cas particulièrement de la destruction de chiroptères et d’insectes au cours de leur exploitation). L’obtention d’une éventuelle dérogation « espèces protégées » change peu la donne.

Installations classées et protection de la nature : un oxymore ?

S’agissant d’installations classées soumises à autorisation (soit à peine environ 5 % de toutes les ICPE), les éoliennes relèvent, conformément à l’article L. 512-1 du code de l’environnement, des « installations qui présentent de graves dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés à l’article L. 511-1 ». Ce qui nécessite, en l’espèce, des prescriptions particulières. Elles justifient donc une analyse approfondie des effets du projet sur chacun de ces intérêts, à savoir en particulier : « (…) la protection de la nature », laquelle, qui englobe naturellement la biodiversité, est mentionnée distinctement de la protection de l’environnement – contrairement à l’article précité (R. 122-5), qui ne mentionne pas la protection de la nature mais englobe la biodiversité au sein de la protection de l’environnement. 

Cette disposition se révèle fondamentale en conjugaison avec l’article L. 181-3 du code de l’environnement : « L’autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu’elle comporte assurent la prévention des dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés aux articles L. 211-1 [loi sur l’eau] et L. 511-1 du code de l’environnement » et ce particulièrement quand ces dangers et inconvénients sont qualifiés de « graves ». La disposition est d’autant plus exigeante qu’elle s’applique bien plus largement qu’à la seule biodiversité et vise la prévention à la source. Elle prend toute son importance quant à la destruction des chiroptères, oiseaux et insectes.

Malgré ces exigences, bien peu de mesures en faveur de la protection des espèces et de leurs milieux sont réalisées, effectives, suivies et réellement prises en compte (voir les volets 2,3 et4 de l’article).

La dérogation « espèces protégées » : un modèle remis en question

De nombreux débats et études ont porté, et porteront encore longtemps, sur l’exigence d’une dérogation « espèces protégées » définie aux articles L. 411-1 et 411-2. À titre de simple rappel, la destruction d’espèces végétales, la destruction ou la perturbation des espèces animales ou la dégradation de leurs habitats sont interdites. Cependant, il est possible d’y déroger dès lors que sont remplies trois conditions distinctes et cumulatives[8] :

  • L’absence de solution alternative satisfaisante  ;
  • La dérogation ne nuit pas au maintien des populations d’espèces concernées dans un état de conservation favorable dans leur aire de répartition naturelle ;
  • Un des cinq motifs édictés au 4° de l’article L. 411-2 est satisfait, dont celui relatif à une raison impérative d’intérêt public majeur (RIIPM).

La loi relative à l’accélération de la production d’énergies renouvelables[9], qui a créé une présomption de RIIPM pour les parcs éoliens, n’a eu à ce jour qu’un effet limité, du fait que cette présomption peut être renversée par la preuve contraire par tout moyen devant le juge. Le Conseil d’État a continué de considérer que le critère de la RIIPM n’était pas rempli pour plusieurs projets de parcs éoliens terrestres, selon des motifs assez récurrents.

À titre d’exemple, la cour administrative d’appel de Toulouse avait estimé que, du fait de la production du parc de six éoliennes correspondant à l’alimentation annuelle d’au moins 11 555 foyers, soit environ 1,3 fois la consommation électrique de la population de la communauté de communes des Aspres (19 808 habitants), le projet participait à l’objectif de réduction des émissions de gaz à effet de serre en favorisant le développement de la part des énergies renouvelables dans la production d’électricité en France. Elle en a déduit qu’il répondait à une RIIPM au sens de l’article L. 411-2 du code de l’environnement[10]. La dérogation ne concernait pas moins la destruction de 81 espèces d’oiseaux, 23 de chiroptères, quatre d’amphibiens, sept de reptiles, une espèce d’insectes, deux de mammifères terrestres et une espèce de flore… Ce qui en dit long sur les atteintes à la biodiversité générées même par un « petit » parc éolien.

Le Conseil d’État en a fait une lecture contraire : « En statuant ainsi, alors que le projet de parc éolien n’apporterait qu’une contribution modeste à la politique énergétique nationale de développement de la part des énergies renouvelables dans la consommation finale d’énergie dans un département qui ne souffre d’aucune fragilité d’approvisionnement électrique et compte déjà un grand nombre de parcs éoliens, la cour a entaché les arrêts attaqués d’erreur de qualification juridique des faits »[11].

Malgré des atouts indéniables, de nombreux impedimenta pèsent sur le développement, nécessaire, des éoliennes terrestres ; au premier rang desquels une production locale modeste par rapport aux besoins nationaux, voire régionaux. Cela contrairement aux éoliennes offshores, beaucoup plus puissantes, à l’énergie hydroélectrique, et sans même évoquer les centrales électronucléaires, pour rester dans les productions énergétiques bas carbone. En regard, elles sont potentiellement source d’impacts forts, en termes de paysages et de commodité de voisinage, mais, pour ce qui nous occupe ici, également d’atteintes majeures à une biodiversité déjà en fort déclin, et auxquelles la jurisprudence se montre de plus en plus sensible. À suivre… 

[1] La France continue ainsi d’importer de la Russie 30 à 50 % de son uranium enrichi, auxquels s’ajoute une part importante en provenance du Kazakhstan, sous influence russe. La France a perdu, dans le même temps, la maîtrise de l’exploitation de l’uranium au Niger. Quid de la souveraineté nationale tant mise en avant ?

[2] Seules les pales (essentiellement en fibres de verre) ne sont pas recyclées à ce jour, et encore très peu réemployées sur le marché de la seconde main. Depuis le démantèlement du premier parc en France, en 2019, il est prévu un démantèlement progressif de 300 éoliennes par an au fur et à mesure que les contrats de rachats d’électricité arrivent à leur terme (environ 20 ans).

[3] HENGSTMANN E., ZAPATA CORELLA P., ALTER K., BELZUNCE-SEGARRA M. J. et al., "Chemical emissions from offshore wind farms: From identification to challenges in impact assessment and regulation", Marine Pollution Bulletin, vol.215, n°117915, 2025.

[4] Ord. n° 2017-80, 26 janv. 2017 : JO 27 janv.

[5] CE, 1er juill. 2021, n° 438811, Lebon T. ; réciproquement, les parcs éoliens entrant désormais dans le champ de l’autorisation environnementale sont dispensés, à ce titre, de permis de construire (C. urb, art. R. 425-29-2).

[6] CE, 22 sept. 2022, n° 443458.

[7] CE, 31 décembre 2024, n° 475236, Lebon T. V. aussi CE, 8 juill. 2024, n° 47114, Lebon T.

[8] CE, 30 déc. 2015, n° 371748, Lebon

[9] L. n° 2023-175, 10 mars 2023 ; D. n° 2023-1366, 28 déc. 2023.

[10] CAA Toulouse, 8 déc. 2022, n° 20TL02108.

[11] CE, 18 avril 2024, n° 471141.

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