Les chiffres sont préoccupants. « Les pesticides ont été détectés dans 97 % des stations de surveillance de l'eau et leur concentration a dépassé les normes dans près de 20 % d'entre elles, situées en majorité dans les grandes plaines céréalières et industrielles du nord de la France (Bassin parisien, Beauce, Picardie, Champagne…), où les traitements phytosanitaires sont plus fréquents. En 2024, d'après le ministère de la Santé, 19,2 millions de personnes ont été alimentées au moins une fois par de l'eau en situation non conforme vis-à-vis des normes pesticides », rapporte France Nature Environnement (FNE).

Face au constat d'une dégradation généralisée de la qualité des eaux françaises et de l'échec des politiques publiques en la matière, la fédération d'associations de protection de l'environnement, accompagnée de l'Association citoyenne et laïque des consommateurs (ACLC), a décidé d'attaquer l'État en justice.

Le déclencheur de l'action semble être le rapport de trois inspections générales (1) (Igas, Igedd, CGAAER), daté de juin 2024 mais qui n'avait été dévoilé que cinq mois plus tard après une fuite dans la presse. « Il révèle que l'échec est connu mais que rien n'est fait », explique Pia Savart, juriste chez FNE.

Problème identifié de longue date

« Le problème est identifié de longue date », confirme Alexis Guilpart, animateur du réseau Eau et milieux aquatiques chez FNE, qui rappelle les multiples initiatives relatives à la protection des captages à travers les lois sur l'eau successives (1964, 1992 et 2006), le Grenelle de l'environnement en 2008, la Conférence environnementale en 2013, les Assises de l'eau en 2019, le Plan eau en 2023, puis la Feuille de route « captages » en mars 2025.

Le groupe national mis en place dans le cadre de cette feuille de route devait aboutir à l'adoption d'un arrêté définissant les captages sensibles. « Mais la FNSEA, la Coordination rurale et des chambres d'agriculture en ont claqué la porte car elle refusait la stratégie de définition de seuils qui faisait pourtant consensus entre les trois ministères concernés », déplore le représentant de FNE. Et ce, alors que les collectivités locales attendent la définition de ces seuils pour activer les leviers d'action qui sont à leur disposition (outils fonciers, outils financiers, projets alimentaires territoriaux). Quant au projet de loi d'urgence agricole, présenté le 8 avril en Conseil des ministres, « le Gouvernement tente de réécrire les choses », dénonce Alexis Guipart, qui craint que ce soit pour mieux repousser la prise de décision en la matière.

“ Il revient deux à trois fois moins cher de prévenir les pollutions que de dépolluer l'eau ” Anna Cohen, France Nature Environnement

« La surveillance réalisée par les agences de l'eau et les contrôles sanitaires menés par les agences régionales de santé révèlent des concentrations élevées de pesticides et de métabolites dans les eaux brutes et dans les eaux distribuées », établit pourtant le rapport d'inspection de juin 2024, qui synthétise une gigantesque somme de connaissances accumulées en la matière. Il acte « l'échec global de la préservation de la qualité des ressources en eau pour ce qui concerne les pesticides » et formule une série de recommandations à l'attention du Gouvernement pour protéger les captages.

Dépenses additionnelles de 1 à 1,5 Md€/an pour les ménages

« Il revient deux à trois fois moins cher de prévenir les pollutions que de dépolluer l'eau », souligne en effet Anna Cohen, cheffe de projet Agriculture et alimentation chez FNE, en s'appuyant sur des rapports de la Cour des comptes de 2010 et du Sénat de 2023. Selon un autre rapport, du Commissariat général du développement durable (CGDD) cette fois, datant de 2011, les dépenses additionnelles des ménages générées par les pollutions agricoles diffuses (pesticides et nitrates) représentent un montant compris entre 1 et 1,5 milliard d'euros (Md€) par an.

Au-delà du coût, « la seule dépollution ne peut pas être une solution sur le long terme », explique FNE, en raison de la dépendance aux importations de certains traitements (charbon actif), de leur consommation en énergie, en eau ou en équipements (traitements membranaires) et des impasses techniques pour retirer certaines molécules de l'eau. « Il y a généralement de 10 à 15 métabolites par pesticide, mais cela peut aller jusqu'à 200 », explique Michel Campano, représentant de l'association Alerte des médecins sur les pesticides (AMLP). Or, ces produits, issus de la dégradation des pesticides dans l'environnement, peuvent présenter plus de toxicité que la substance active elle-même, rappelle Anna Cohen.

État de la qualité de l'eau potable vis à vis des principaux polluants chimiques : pesticides, nitrates, PFAS, CVM et perchlorates. © Générations futures

« La seule mesure qui vaille est celle de protéger les aires de captage », conclut Michel Campano. De nombreux outils « fonciers, financiers et réglementaires » existent, explique FNE, citant les zones soumises à contrainte environnementale (ZSCE), qui permettent de rendre obligatoires des actions de préservation de la qualité de l'eau, et l'intégration dans les déclarations d'utilité publique (DUP), obligatoires pour tous les captages, d'interdictions d'utilisation des pesticides. Mais l'État et ses représentants sous-utilisent ces dispositifs, bien souvent sous pression de syndicats agricoles réfractaires à l'imposition de contraintes d'exploitation aux agriculteurs dont les terres sont situées sur des périmètres de captage.

Demande de réparation du préjudice écologique

Face à cette inertie, les deux associations ont donc déposé le 21 avril un recours devant le tribunal administratif de Paris visant à faire reconnaître la carence fautive de l'État dans la protection des captages. Et ce, alors qu'il existe un « corpus juridique assez colossal », qui lui impose de protéger la ressource en eau explique Pia Savart, qui rappelle les textes internationaux (droit à l'eau comme droit fondamental), communautaires (DCE, directive "eau potable", etc.) et français (cinq codes) applicables.

Par cette action, les requérantes demandent qu'il soit enjoint à l'État, sous astreinte de 10 millions d'euros par semestre de retard, de garantir l'accès du public à l'information sur la qualité de l'eau des captages (la Commission européenne a mis en demeure la France sur ce point en juillet 2025) et de mettre en place des programmes de protection des captages permettant de respecter les seuils de qualité relatifs aux pesticides. Les associations demandent également la réparation du préjudice écologique résultant des atteintes que cette dégradation des eaux porte aux bénéfices que l'homme tire de l'environnement, avec un fléchage de la réparation qu'elles escomptent obtenir vers les agences de l'eau, l'Office français de la biodiversité (OFB) et l'Agence bio. Elles ont chiffré ce préjudice à la somme de 900 millions d'euros, à partir d'un calcul fondé sur le manque à gagner lié à l'absence de mise en œuvre de mesures préventives sur les dix dernières années, à l'aide d'une étude d'AgroParisTech de 2010.

Le contentieux « Justice pour le vivant » constitue un précédent en la matière. En juin 2023, le tribunal administratif de Paris avait reconnu la responsabilité de l'État dans l'effondrement de la biodiversité du fait de ses manquements en matière de gestion des pesticides et lui avait enjoint de réparer le préjudice écologique qui en avait résulté. Une décision confirmée, en septembre 2025, par la cour administrative d'appel de Paris qui lui a en outre imposé l'actualisation des protocoles d'évaluation des pesticides. L'État s'est toutefois pourvu en cassation contre cette décision.