Le règlement d'exécution (UE) 2025/2358 de la Commission établit des règles détaillées pour la mise en œuvre du règlement (UE) 2024/3012, qui encadre la certification des absorptions permanentes de carbone, de l'agrostockage de carbone et du stockage de carbone dans les produits. Ce texte définit les modalités relatives aux systèmes de certification, aux organismes de certification et aux audits nécessaires pour garantir la conformité et l'intégrité des processus.

Il précise les exigences pour les plans d'activité et les plans de surveillance soumis par les exploitants, incluant des modèles standardisés pour ces documents ainsi que pour les rapports d'audit. Les systèmes de certification doivent adopter une structure de gouvernance robuste, incluant un conseil indépendant et des comités techniques, tout en évitant les conflits d'intérêts. Ils sont tenus de mettre en place des procédures de contrôle interne, de gestion des plaintes et de documentation, avec une classification des non-conformités (critiques, majeures ou mineures) et des sanctions proportionnées.

Le règlement introduit des règles pour prévenir le "papillonnage" entre systèmes de certification, où un exploitant pourrait changer de système pour contourner un audit défavorable. Les informations clés sur les systèmes de certification doivent être publiquement accessibles, notamment via leurs sites web et, à terme, dans le registre de l'Union. Les organismes de certification doivent être accrédités selon des normes spécifiques et disposer d'auditeurs qualifiés, indépendants et formés régulièrement.

Pour les petits exploitants pratiquant l'agrostockage de carbone, des audits de groupe sont autorisés sous certaines conditions, afin de réduire la charge administrative. Les registres de certification doivent empêcher le double comptage des unités certifiées et garantir la transparence des transactions. Enfin, le texte définit la procédure de reconnaissance des systèmes de certification par la Commission, basée sur une évaluation approfondie de leur conformité aux exigences réglementaires.