Le texte réglementaire précise les critères et procédures relatifs à la désignation des zones vulnérables (ZV) à la pollution par les nitrates d'origine agricole, conformément au code de l'environnement. Il définit d'abord les eaux polluées comme celles dépassant un seuil de concentration en nitrates ou subissant une eutrophisation liée à l'agriculture, et les eaux susceptibles d'être polluées comme celles présentant une teneur en nitrates proche du seuil sans tendance à la baisse. Un programme de surveillance annuel est instauré pour identifier ces eaux, basé sur des mesures et des données environnementales.

Les zones vulnérables sont désignées en fonction des territoires alimentant ces eaux polluées ou menacées. Leur classification repose sur des critères scientifiques, techniques et environnementaux, incluant les résultats des programmes d'action et les caractéristiques des masses d'eau. Le texte prévoit une continuité territoriale pour garantir l'efficacité des mesures, permettant d'inclure des zones ne répondant pas strictement aux critères initiaux. La révision des ZV suit un processus encadré : élaboration d'un projet par le préfet coordonnateur de bassin en concertation avec divers acteurs (organisations agricoles, associations, collectivités), suivi d'une consultation des conseils régionaux, agences de l'eau et comités de bassin. Les avis sont réputés favorables en l'absence de réponse dans un délai fixé.

Un arrêté du 5 mars 2015 détaille les modalités techniques de désignation. Il introduit la méthode du percentile 90 pour évaluer la concentration en nitrates, prenant en compte 90 % des mesures réalisées lors des campagnes de surveillance. Une tendance à la baisse est établie si une diminution est constatée sur deux campagnes consécutives. Les masses d'eau superficielles ou souterraines dépassant certains seuils sont automatiquement considérées comme polluées ou menacées, entraînant le classement des communes concernées en ZV. Une délimitation infra-communale peut être appliquée, s'appuyant sur des référentiels hydrographiques et des limites cadastrales.

Le calendrier de révision des ZV est précisé, incluant des étapes de traitement des données, de concertation, de consultation publique et de publication des arrêtés. La méthode de calcul du percentile 90, validée par le Conseil d'État, est explicitée, tout comme des recommandations pour formaliser le réseau de surveillance et justifier les non-classements. Les données doivent être mises à disposition des parties prenantes, et les résultats communiqués aux agriculteurs avant l'entrée en vigueur des nouveaux zonages.