L'arrêté donnera un délai maximum de 18 mois à Total, qui dépensera 40 à 50 millions d'euros pour dépolluer la zone. Ce délai est restreint à 6 mois en ce qui concerne les zones qui accueilleront les futurs bâtiments. La dépollution consistera à extraire complètement les pépites contenant du Mercure (Hg) et des Hydrocarbures et à excaver les sols à forte teneur en Arsenic (As), Plomb (Pb) ou naphtalène, jusqu'à 50 cm de profondeur.
La dépollution de la zone en bord de Garonne, qui ne sera pas construite par la suite, englobe un ancien site militaire de fabrication de munitions. C'est donc la DGA qui sera en charge de sa dépollution dans un délai de trois ans. Elle devra notamment assainir les étangs servant de décharge pour des composants d'explosifs, qui contiennent plusieurs milliers de tonnes de nitrocellulose.
Après la catastrophe du 21 septembre 2001, il était urgent de revitaliser le tissu économique et industriel de ce secteur sud de Toulouse. Le site dépollué accueillera ainsi le futur site européen de la lutte anti-cancer. Avec le Cancéropôle du Grand Sud-Ouest, où seront construits notamment un hôpital et des instituts de recherche, une nouvelle vie économique et sociale va se développer sur ce site.
Le Cancéropôle devrait réunir d'ici 2008 plus de 2 000 chercheurs et devrait positionner Toulouse comme l'un des centres de référence de la lutte contre le cancer au niveau européen et international.
Le 21 septembre 2001, 30 personnes avaient été tuées et plusieurs milliers blessées dans l'explosion d'un dépôt de 300 tonnes de nitrate d'ammonium sur le site de l'usine AZF.