Docteur en médecine et professeur de chirurgie, Didier Houssin a débuté sa carrière aux hôpitaux de Paris de 1973 à 1982. Il rejoint ensuite l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm) au poste de chargé de recherche jusqu'en 1988. Nommé directeur général de l'Etablissement français des greffes en 1994, puis chef du service de chirurgie de l'hôpital Cochin pendant 5 ans, il est appelé en 2003 à la tête de la Direction de la politique médicale à l'Assistance publique-hôpitaux de Paris.
En 2005, il est nommé directeur général de la santé et délégué interministériel à la lutte contre la grippe aviaire. A partir de 2011, il est président de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, fonction qu'il occupe à ce jour. Didier Houssin est également conseiller auprès de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et auteur de plus de 300 publications scientifiques.