Une circulaire (1) de la ministre de l'Environnement, du 11 février 2013, établit la feuille de route des services déconcentrés, pour la période 2013-2014. Elle fixe les priorités nationales en matière d'eau, de biodiversité et de paysages, en veillant à l'adéquation avec les moyens alloués dans le cadre du budget triennal 2013-2015.

La ministre invite les services déconcentrés à orienter leur action sur les directives européennes telles que la directive cadre sur l'eau (DCE) (2) , la directive cadre stratégie pour le milieu marin (DCSMM) (3) et les directives "Habitats Faune Flore" (4) et "Oiseaux" (5) . "A ce titre, le renforcement et l'approfondissement des outils de connaissance des milieux est une priorité", indique la ministre. Des priorités sont ainsi fixées pour chacun de ces domaines par la circulaire. La ministre espère également une "implication dans la résorption des contentieux européens". Par exemple, au titre de la directive "nitrates", il s'agit d'élaborer les 5èmes programmes régionaux d'action nitrates.

Concernant l'organisation des services, les Missions Inter-Services de l'Eau et de la Nature devront être constituées au niveau départemental et les polices en charge d'activités d'instruction et de contrôle devront se coordonner dans le domaine des ressources naturelles "à partir d'une analyse des enjeux environnementaux de chaque territoire", informe la circulaire. Enfin, le pilotage régional par la Direction régionale de l'Environnement, de l'Aménagement et du Logement (DREAL) devra être renforcé.