Ancien étudiant de l'Université Paris XI‐Orsay, Jean‐François Silvain est depuis 2008 Président du Conseil scientifique de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité. Il est membre du Conseil scientifique du Patrimoine naturel et de la biodiversité (CSPNB), de la Commission des collections du Muséum national d'histoire naturelle et du conseil du département Systématique et évolution du MNHN. Il occupe également la présidence de la partie française du conseil scientifique du Centre franco‐brésilien sur la biodiversité amazonienne (CFBBA). Il a été vice‐président puis président de la Société française de Systématique.

Parmi ses thèmes de prédilection, Jean‐François Silvain travaille sur la biodiversité, l'écologie et la biogéographie des insectes tropicaux, la faunistique moléculaire, la systématique moléculaire et la phylogénie des insectes phytophages tropicaux.