La directive 2000/60/CE du Parlement européen et du Conseil vise à établir un cadre pour la gestion et la protection des eaux par grand bassin hydrographique, tant du point de vue qualitatif que quantitatif. Elle fixe des objectifs environnementaux pour la préservation et la restauration de l'état des eaux superficielles et souterraines avec une obligation de résultats pour atteindre le bon état des eaux en 2015. Sa mise en œuvre repose sur cinq étapes principales : la caractérisation du district hydrographique, la publication du registre des zones protégées, la mise en œuvre d'un programme de surveillance (2006), l'élaboration d'un plan de gestion (2009) et la définition d'un programme de mesures (2009).

Pour répondre à l'évolution de la politique de l'eau (SDAGE…) et notamment la directive cadre européenne sur l'eau (DCE) qui poursuit un objectif ambitieux de bon état écologique des eaux en 2015, l'Agence de l'eau Rhône Méditerranée et Corse et le Cemagref ont récemment signé un accord-cadre jusqu'en 2008.

Les deux organismes publics s'engagent sur un programme pluriannuel de recherches appliquées bâtis autour de 3 axes structurants :

- Développements méthodologiques en appui à l'élaboration des plans de gestion des districts Rhône-Méditerranée et Corse. Il s'agit de déterminer des méthodes de diagnostic de l'état des milieux aquatiques puis de modéliser des évolutions d'état en fonction des modifications de pressions, notamment physiques et de leurs conséquences sur les habitats aquatiques et la biologie.

- Innovation méthodologique pour l'établissement des plans de gestion et des programmes d'actions relatifs à la réduction des rejets polluants, la maîtrise des prélèvements d'eau, la restauration du fonctionnement des cours d'eau proche d'un fonctionnement naturel, malgré des aménagements lourds (hydroélectricité, gestion des crues…), la détermination d'un bon équilibre entre l'objectif de bon état des milieux et les contraintes économiques et enfin la réalisation les objectifs de la DCE avec les acteurs locaux.

- Observatoires de suivi des milieux en rapprochant les dispositifs de recherches scientifiques des réseaux d'observations de l'environnement dans le cadre du programme de surveillance requis par la DCE.

Une première vague d'opérations concrètes doit démarrer en 2006, axée sur les méthodes de diagnostic de l'état des milieux et de simulation de leurs évolutions, ainsi que sur les techniques innovantes d'épuration des eaux usées. Elle porte sur un montant de 1.180.000 euros et doit être soumise début décembre au Conseil d'Administration de l'Agence de l'eau pour une décision d'attribution d'une subvention pluriannuelle totale de 648.000 euros. Ces opérations concernent :
- L'impact de la restauration hydraulique des cours d'eau sur l'habitat d'organismes aquatiques,
- L'adaptation de l'indicateur poisson de l'état des milieux au contexte des bassins Rhône-Méditerranée et Corse et l'extension aux plans d'eau,
- La contamination des eaux par les médicaments à usage humain rejetés dans le milieu naturel,
- Le traitement des rejets d'eaux usées par des procédés innovants (filtres plantés, biofiltre…).

Pour l'Agence de l'Eau, il s'agit du premier contrat de ce type avec la communauté scientifique.

Un autre accord a été signé aujourd'hui avec l'établissement public, l'IFREMER, pour le littoral. Il fixe les règles d’une coopération dans le domaine de la connaissance, de la surveillance, de la gestion, de la protection et de la mise en valeur du littoral méditerranéen afin de renforcer l’efficacité de leurs interventions respectives.

Trois axes de coopération ont été définis :
- l’amélioration des connaissances et la compréhension des processus concernant le fonctionnement et le devenir du littoral méditerranéen,
- l’appui méthodologique à la surveillance de l’état des milieux et le Schéma Directeur des Données sur l’Eau,
- l’élaboration des plans de gestion et l’accompagnement des politiques territoriales des bassins Rhône-Méditerranée et de Corse.

Une première série d’opérations devrait démarrer en 2006. Elle portera sur un montant de 535 000 euros. Ces opérations concerneront :
- la toxicité des sédiments marins à travers deux approches complémentaires que sont la bioaccumulation des micropolluants dans les moules et l’évaluation de la toxicité globale des sédiments par des tests biologiques,
- la collecte, la bancarisation et la valorisation des données biologiques littorales,
- l’appui à l’élaboration du plan de gestion SDAGE/Directive Cadre sur l’eau.

Parallèlement, le partenariat entre l’Agence de l’eau et l’Ifremer s’étend au suivi pérenne de la qualité du littoral, dans le cadre des réseaux de surveillance de la DCE, du Réseau de Suivi Lagunaire (RSL) et du Réseau Intégrateurs Biologiques (RINBIO).