D'après les rapports annuels sur les eaux de baignade soumis par les États membres en vertu de cette directive, la Commission a constaté que, entre le début des années 1990 et 2004, de nombreux sites de baignade précédemment reconnus ont été supprimés sans explication de la liste des zones de baignade contrôlées. Certains États membres auraient donc choisi de fermer des sites de baignade plutôt que de les nettoyer.
C'est pourquoi la Commission a envoyé une première lettre d'avertissement à l'Allemagne, la Belgique, le Danemark, l'Espagne, la Finlande, la France, la Grèce, l'Italie, aux Pays-Bas, au Portugal et à la Suède, leur demandant de rétablir les sites de baignade en question ou de fournir une explication satisfaisante de leur radiation. Le «déclassement» ou la radiation de sites de baignade doit être expliquée et justifiée de façon adéquate, et ne peut pas être une réponse à la pollution de l'eau, explique la Cour de justice européenne.
Au total, quelque 7 000 sites de baignades sont concernés. La directive de l'UE concernant les eaux de baignade vise à assurer que des millions de baigneurs puissent jouir d'eaux de baignade propres au cours des mois d'été, souligne Stavros Dimas, commissaire à l'Environnement. C'est pourquoi je suis préoccupé par le fait que certains États membres n'appliquent plus à plusieurs milliers de sites de baignade à travers l'UE les mesures de sauvegarde prévues par la directive, ajoute t'il.
La Commission est également préoccupée par le manque de contrôle de certaines eaux de baignade en Italie, qui, bien qu'étant reconnues comme des eaux de baignade, font l'objet d'interdictions de baignade. L'Italie n'a en effet pas contrôlé la qualité de l'eau de 244 sites, où la baignade était interdite en 2004.
La réglementation européenne sur la qualité des eaux de baignade, dépassée au regard des progrès scientifiques et technologiques dans ce domaine, fait l'objet d'ailleurs depuis 2001 d'une mise à jour. Suite au désaccord entre le Parlement européen et le Conseil pour la révision de cette directive, une conciliation a été engagée entre les députés et les états membres et a abouti à un accord le 12 octobre dernier. Cette nouvelle directive crée notamment une nouvelle catégorie de qualité de l'eau. Après les catégories « excellente », « bonne » et « mauvaise » une quatrième catégorie, intermédiaire appelée « suffisante » se rajoute et fait le lien entre « mauvaise qualité» et « bonne qualité». Ainsi, alors que la directive actuelle n'est pas complètement appliquée, cette nouvelle directive devrait rentrer en vigueur en 2006 et sa mise en œuvre devra être effective avant 2008.