Depuis leur création en 1964, les agences de l'eau établissent des programmes pluriannuels d'intervention, qui mettent en œuvre les orientations de la politique nationale de l'eau. Il s'agit de six programmes différents adaptés aux enjeux de chaque bassin mais au service d'une seule et même politique de gestion de l'eau.
Depuis janvier 2007, les agences de l'eau sont entrées dans une nouvelle période d'intervention de six ans. À travers ces 9e programmes, les agences de l'eau ont la lourde responsabilité de mettre en œuvre la nouvelle loi sur l'eau et les milieux aquatiques qui a été voté en décembre dernier. Pour ces six prochaines années, les agences vont pouvoir se partager 11,6 milliards d'euros à investir vers deux objectifs majeurs : rattraper le retard accumulé par la France dans l'application de la directive eaux résiduaires urbaines qui impose de mettre en conformité l'ensemble des stations d'épuration, et mettre en œuvre la directive cadre sur l'eau qui oriente l'action vers une logique de résultat, à savoir un bon état écologique des masses d'eau d'ici 2015.

Parallèlement, ces programmes doivent permettre aux agences de l'eau d'assurer la protection de la ressource et le développement durable des activités économiques liées à l'eau. C'est pourquoi elles devront renforcer leur action en matière d'eau potable en aidant les collectivités à achever la mise en place des périmètres de protection des captages dès 2010. Elles devront également lutter activement contre les pollutions diffuses en initiant des actions territoriales renforcées et assurer l'adéquation usage/ressources en application du plan de gestion de la rareté de l'eau, y compris par le développement de solutions innovantes et la mobilisation de ressources nouvelles. Il est donc prévu de dédier notamment 5,3 milliards d'euros à l'épuration dans les collectivités, 1,2 milliards à l'eau potable, 1 milliard à la gestion des milieux, 0,8 milliard à l'épuration industrielle, 0,6 milliard à la gestion de la ressource et 0,3 milliard aux pollutions agricoles.

Confirmé par la nouvelle loi sur l'eau, le principe de « l'eau paie l'eau » sera à la base du financement des agences de l'eau. En effet, les programmes d'action seront entièrement financés par les redevances versées aux agences par les usagers de l'eau en fonction des volumes d'eau qu'ils prélèvent et consomment et des quantités de pollutions qu'ils émettent. À ce sujet, la nouvelle loi sur l'eau a instauré de nouvelles redevances notamment auprès des pêcheurs en substitution de la taxe piscicole et auprès des agriculteurs qui verseront désormais aux agences la taxe générale sur les activités polluantes (TGAP) sur les pesticides. Elle instaure également une modulation des redevances en fonction de l'usage de l'eau (eau potable, refroidissement des centrales, industrie, irrigation) et en fonction de l'état de la ressource.
Résultat, au regard du nombre d'usagers, l'agence de l'eau Adour-Garonne bénéficiera d'1,4 milliard d'€ pour la période 2007-2012, l'agence Artois-Picardie de 947 M€, l'agence Rhin-Meuse de 1,2 milliard d'€, l'agence Loire-Bretagne de 2 milliards d'€, l'agence Rhône-Méditerranée et Corse de 3 milliards d'€ et l'agence de l'eau Seine-Normandie de 5,2 milliards d'euros. Si pour certaines agences les nouvelles redevances suffiront à gonfler suffisamment leur budget, l'agence Seine-Normandie prévoit de majorer les redevances dans les zones stratégiques pour la reconquête de la qualité de l'eau ce qui pourrait se traduire par une hausse sur les factures d'eau.

Lors de la présentation de ces 9e programmes, tous les présidents d'agence et la ministre de l'écologie, Nelly Olin, se sont félicités des démarches de dialogue et de concertation qui ont été menées dans chaque bassin pour leur préparation tant avec les acteurs locaux qu'avec les services de l'État. Reste désormais à concrétiser ces projets.