Ayant pour mission de contribuer à assurer la sécurité sanitaire dans le domaine de l'environnement et du travail, l'Afsset a été saisie en 2004 par les ministères de l'environnement, de l'industrie et de la santé afin d'évaluer les procédures mises en place par EDF pour limiter le risque de légionelles dans les tours de refroidissement des centrales nucléaires. 11 centrales sur les 19 exploitées par l'énergéticien possèdent une tour de ce type. Les circuits de refroidissement de ces tours sont alimentés par l'eau brute de rivières situées à proximité. Sachant que la bactérie Legionella est présente naturellement dans les eaux douces et a tendance à proliférer dans les sites hydriques artificiels à des températures comprises entre 25 et 45°C, les tours aéroréfrigeantes des centrales peuvent être concernées. La contamination humaine se fait par voie respiratoire, par inhalation d'eau contaminée diffusée en aérosol et entraîne le développement de trouble respiratoire.

Dans un premier avis rendu en juin 2006 basé sur les procédures présentées par EDF en avril 2006, l'Afsset soulignait l'importance de mettre en cohérence les seuils d'alerte des tours avec ceux du référentiel réglementaire des installations classées pour la protection de l'environnement (ICPE) afin d'assurer un niveau de protection similaire à celui en vigueur dans les installations industrielles. À l'heure actuelle, l'Autorité de sûreté nucléaire (ASN) recommande de maintenir la concentration en légionelles dans l'eau en dessous de 500.000 UFC par litre pour les tours de 28 mètres de hauteur et 5.000.000 UFC par litre pour les tours plus grandes. Or, la législation des ICPE impose un seuil maximum de 1.000 UFC par litre pour les tours des industriels.
Dans un second avis publié hier mais toujours basé sur la situation de 2006, l'Afsset relève des lacunes dans les procédures actuelles destinées à limiter la prolifération des bactéries dans les centrales. L'agence note par exemple que le traitement déclenché en cas de prolifération est principalement basé sur l'utilisation de biocides chlorés et de produits anti-tartre. L'Afsset reconnaît que ces traitements sont efficaces ponctuellement et temporairement mais rappelle que l'innocuité pour l'homme et pour les écosystèmes de ces rejets n'a pas été prouvée. De plus, l'agence souligne que dans le cadre des objectifs européens de qualité écologique des eaux (directive cadre sur l'eau), de tels traitements sont à proscrire dans les centrales situées sur un même bassin versant. Pour toutes ces raisons, l'Afsset juge « insuffisant » le plan de gestion présenté par EDF en avril 2006 et réitère sa recommandation relative au besoin urgent de trouver des solutions alternatives ou complémentaires au traitement biocide.

Ces recommandations semblent avoir été prises en compte par l'énergéticien qui a présenté à l'agence un nouveau plan de lutte contre les légionelles en avril 2007. Ce plan semble satisfaire l'Afsset qui reconnaît que l'analyse des risques est plus complète et plus détaillée pour chaque circuit de refroidissement ce qui permet de décliner un plan d'entretien et de maintenance plus ciblé et spécifique. EDF a également entamé des études afin de diminuer voire supprimer les traitements au chlore. Néanmoins, l'agence considère que des efforts supplémentaires doivent être réalisés notamment sur la mise en place de traitements préventifs. L'eau puisée dans les rivières pourrait être traitée avant d'entrer dans les circuits. L'agence recommande également de renforcer le plan de surveillance en augmentant la fréquence des analyses et de compléter l'évaluation des solutions de traitement alternatif par des études d'impact environnementales des rejets.