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Hélène Soubelet est docteur vétérinaire, diplômée d'études approfondies en pathologie végétale. Elle entame sa carrière en 2004 en tant que chef des inspections à la direction départementale des services vétérinaires de la Sarthe. Trois ans plus tard, elle rejoint un laboratoire de biocontrôle où elle est en charge du service méthodologie.

En 2010, elle intègre le ministère de l'Environnement au poste d'adjointe au chef de mission biotechnologies et agriculture puis de chef de la mission biodiversité et gestion durable des milieux en 2013.