Désormais les six agences de l'eau auront pour président du conseil d'administration, le préfet coordonnateur du bassin. La loi 3DS, adoptée définitivement par le Sénat, le mercredi 9 février, a introduit dans la loi cette modification. Jusqu'à présent, les présidents des conseils d'administration des agences de l'eau étaient désignés par décret du président de la République.

Pour les trois bassins Artois-Picardie, Rhône-Méditerranée-Corse et Seine-Normandie, les présidents des conseils d'administration étaient déjà les préfets coordonnateurs des bassins. Pour les trois autres, Rhin-Meuse, Adour-Garonne et Loire-Bretagne, le président du conseil d'administration était jusqu'à peu un ingénieur général. Après un arbitrage du président de la République, le décret du 17 février 2021 a désigné pour ces trois agences, les préfets coordonnateurs de bassin comme président des conseils d'administration. Pour éviter une nouvelle nomination par décret du président de la République à chaque changement de préfet, la loi a donc été modifiée.

Par ailleurs, la loi 3DS prévoit que le représentant de l'État dans les départements constituant le bassin présente au comité de bassin, pour chacun des départements concernés et une fois tous les trois ans, les priorités de l'État et les projets significatifs de l'État et des collectivités territoriales dans les domaines de compétence de l'agence.