La présence du Sars-Cov-2 dans les eaux usées va-t-elle devenir un nouvel indicateur d'aide à la gestion de la pandémie ? C'est en bonne voie. Une nouvelle étape vers une harmonisation et une consolidation de ce système de surveillance vient d'être franchie. Les ministères de la Santé et de la Transition écologique ont nommé un laboratoire national de référence (LNR) pour harmoniser les méthodes de détection et évaluer les laboratoires capables de réaliser cette surveillance. Il s'agira du laboratoire d'hydrologie de l'Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses). « Sa mission est d'assurer la fiabilité et la normalisation des données issues de la surveillance, en harmonisant les méthodes utilisées entre les différents acteurs impliqués. Il appuiera également Santé publique France dans l'élaboration des plans de surveillance », expliquent les ministères de tutelle.

“ La mission [du laboratoire de référence] est d'assurer la fiabilité et la normalisation des données issues de la surveillance, en harmonisant les méthodes utilisées entre les différents acteurs impliqués ” Ministères de la Santé et de la Transition écologique

À la demande de la direction générale de la Santé, Santé publique France a d'ailleurs élaboré un protocole de surveillance (1) virologique du Sars-Cov-2 dans les eaux usées pour une mise en œuvre sur le plan épidémiologique. L'idée des scientifiques est d'utiliser les eaux usées comme miroir des pathologies de la population. Une personne infectée excrète, en effet, du virus par l'intermédiaire de ses selles, notamment 30 à 50 % des porteurs asymptomatiques. D'où l'intérêt de détecter le génome viral dans les eaux usées. Chaque station d'épuration desservant plusieurs dizaines à plusieurs centaines de milliers de foyers, cet outil peut ainsi donner un reflet de la circulation du Sars-Cov-2 dans la population et pourrait être prédictif.

Un outil fortement plébiscité

Obépine se structure en groupement d'intérêt scientifique

Le groupement d'intérêt scientifique (GIS) Obépine est désormais lancé : sa première réunion s'est déroulée le 19 octobre dernier. La structure réunit les partenaires à l'origine du pilote pour le suivi de la présence du virus Sars Cov-2 dans les eaux usées à savoir : le CNRS, Eau de Paris, l'École pratique des hautes études (EPHE), l'Ifremer, l'Inserm, l'Institut de recherche biomédicale des armées (Irba), Sorbonne Université, l'université Clermont-Auvergne, l'université de Lorraine et l'université de Paris.
Le GIS a pour objectif de poursuivre le développement des activités de recherche. « L'initiative permet de donner une structure administrative à ce projet, pour être visible, conduire des partenariats ou encore solliciter des crédits », explique Vincent Maréchal, professeur de virologie à Sorbonne Université, qui assure la direction du GIS aux côtés de Christophe Gantzer (université de Lorraine) et Laurent Moulin (Eau de Paris). « Nous ne faisons pas partie du comité de pilotage de Sum'eau, mais nous allons apporter notre expérience, assister les ministères de la Santé et de la Transition écologique dans la mise en place du dispositif sentinelle », complète Vincent Maréchal. Et d'ajouter : « Le but de la recherche est d'avoir un coup d'avance, nous allons poursuivre cet objectif au sein du GIS. »

En France, plusieurs initiatives et projets de recherche ont vu le jour dès le début de la pandémie, en 2020, dans les secteurs publics et privés. Un regroupement d'équipes de recherche a notamment lancé, en avril 2020, l'Observatoire épidémiologique des eaux usées (Obépine). La mise en place de ce type de surveillance est fortement encouragée par la Commission européenne. Dans une recommandation de mars 2021, adressée à tous les États membres (2) , l'exécutif européen leur demande de développer une « approche commune » pour une « surveillance systématique » de la présence du virus et de ses variants dans les eaux usées. « La surveillance des eaux usées peut être utilisée à des fins de prévention ou d'alerte précoce, car la détection du virus dans les eaux usées devrait être considérée comme un indicateur d'une éventuelle (ré)émergence de la pandémie. (…) L'analyse de l'évolution des résultats est également très utile pour vérifier l'efficacité des mesures mises en place pour limiter la transmission du virus », estime la Commission.

Un avis partagé par l'Académie française de médecine : « En complément des marqueurs épidémiologiques de la Covid-19, l'analyse des eaux usées fournit un outil stratégique majeur permettant de pressentir un éventuel rebond épidémique. La quantité d'acides nucléiques détectée est corrélée à la courbe d'incidence des cas : elle devance le début de la vague, accompagne son ascension et diminue avec sa régression. » Un outil précieux donc, mais qui a du mal à se mettre en place et à obtenir les soutiens adéquats. Dans son avis du 13 octobre, l'Académie constatait, avec regret, le report sine die du transfert du dispositif expérimental vers une surveillance microbiologique nationale dans les eaux usées (Sum'eau), attendue pour le 1^er octobre.+

Le réseau Sum'eau prend le relai

La nomination, avec plus de deux mois de retard, du laboratoire de référence est le point de départ de la mise en place de ce nouveau dispositif Sum'eau dans le but d'agréger les réseaux existants. Aujourd'hui, 168 stations d'épuration font l'objet de prélèvements deux fois par semaine et constituent une base de réflexion pour le dimensionnement d'un réseau de surveillance à des fins de santé publique. De nouveaux sites de surveillance sont en cours de détermination. Il est notamment envisagé d'y inclure des villes de plus de 150 000 habitants, et d'autres lieux stratégiques, comme les aéroports.

Sur les plans européen et international, le laboratoire de référence va participer à des groupes de travail sur les méthodologies de surveillance du Sars-CoV-2. Enfin, des travaux de recherche seront poursuivis, notamment afin d'acquérir des connaissances sur la persistance de ce virus dans les eaux usées ou les boues d'épuration.