Ce deuxième mandat sera marqué par la mise en œuvre du contrat d'objectifs signé avec l'Etat en novembre 2008, traduction opérationnelle de la stratégie scientifique et géopartenariale auquel l'ensemble de l'établissement a apporté son concours. Un effort particulier devrait porter sur le renforcement des activités du Cirad à l'international. Ce mandat devrait également être résolument tourné vers le développement du futur consortium national pour l'agriculture, l'alimentation, la santé animale et l'environnement auquel le Cirad a déjà fortement contribué avec cinq autres membres fondateurs, organismes de recherche et écoles d'enseignement supérieur.

Né en 1949, Gérard Matheron est ingénieur agronome de l'Institut national agronomique Paris-Grignon (Ina-PG aujourd'hui AgroParisTech) et diplômé de l'université Paris IV. Chercheur en génétique animale, après avoir travaillé à l'Inra, il entre au Cirad en 1989 où il prend la direction scientifique du département Elevage et médecine vétérinaire tropicale (Emvt).
Gérard Matheron a été nommé directeur général du Cirad par décision du Conseil des ministres du 1er mars 2006.