Quinze pour cent des espèces de coraux constructeurs de récifs sont menacées ou quasi menacées à La Réunion, 12 % à Mayotte et 6 % dans les îles Éparses. C'est le résultat de l'état des lieux établi par le Comité français de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN), l'Office français de la biodiversité (OFB) et le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), avec l'appui de l'Initiative française pour les récifs coralliens (IFRECOR).
Les formations récifales des îles françaises de l'océan Indien comportent 301 espèces différentes et constituent les écosystèmes parmi les plus riches et les plus diversifiés des océans. Des espèces soumises à de multiples pressions, au premier rang desquels figurent le réchauffement climatique et l'augmentation de la température de l'eau de mer de surface. Une montée en température qui conduit au blanchissement des coraux en saison chaude, et à leur disparition. Dès les années 1980, les îles françaises de l'océan Indien ont traversé plusieurs épisodes de blanchissement marquants, provoquant des déclins locaux et une mortalité massive chez plusieurs espèces, qui se trouvent aujourd'hui classées « en danger critique », « en danger » ou « vulnérables » dans la Liste rouge nationale. C'est par exemple le cas des espèces Isopora palifera et Stylophora pistillata, toutes deux en danger critique à La Réunion.
La dégradation de la qualité des eaux côtières constitue une autre menace majeure. Les effets cumulés de l'urbanisation croissante des littoraux, du rejet d'eaux usées, des pollutions agricoles et des apports terrigènes causés par les défrichements, conduisent à une détérioration importante et chronique de la qualité des eaux récifales à La Réunion et à Mayotte. Certains coraux sont particulièrement sensibles à ces pressions et des espèces autrefois communes apparaissent désormais classées comme menacées de disparition. Enfin, l'impact des prélèvements, des maladies coralliennes, et des cyclones, s'ajoute aux pressions subies par les coraux.
Au vu de ces nouveaux résultats et de l'ensemble des analyses réalisées, les pressions cumulées qui s'exercent sur ces récifs font craindre une perte de diversité biologique, qui risque d'affecter des processus écologiques essentiels, notamment le renouvellement des populations de poissons.
