Les PAPI regroupent un certain nombre de propositions définies en commun par les collectivités et les services de l'État d'un même bassin versant. Les projets retenus relèvent aussi bien de la catégorie des crues dites lentes (crues de plaine ou crues de nappes) que de la catégorie souvent ravageuse et meurtrière des crues torrentielles. Les propositions traitent généralement de la régulation du débit en amont grâce à la création ou à la restauration des champs d'expansion des crues, du développement de l'information préventive, de la réduction de la vulnérabilité des constructions établies en zone inondable ou encore du développement de maîtres d'ouvrages locaux agissant à l'échelle de bassins versants.
Depuis 2003, 42 bassins versants parmi les plus risqués bénéficient d'un PAPI pour la période 2003-2008. Suite aux nouveaux financements prévus par la loi sur l'eau du 30 décembre 2006, 15* nouveaux Programmes d'Actions de Prévention des Inondations supplémentaires ont été élaborés. Ces nouveaux PAPI bénéficieront de 185 millions d'euros sur la période 2007- 2013 dans le cadre des contrats de projet Etat-Région. Ces PAPI s'inscrivent dans les mêmes objectifs que les PAPI de première génération avec des attentes fortes en matière de prise en compte du risque dans l'urbanisme, de réduction de la vulnérabilité.
Ces programmes seront complétés par des plans spécifiques aux grands fleuves à l'image du plan Loire lancé par Michel Barnier en 1994. Depuis ce premier plan, l'intégration des politiques de prévention des inondations à l'échelle des bassins hydrographiques des grands fleuves n'a que très peu progressé. L'évaluation de la mise en œuvre du plan Loire, réalisée par la commission Loire du comité de bassin Loire-Bretagne, apporte un diagnostic largement positif. Ces acquis et cette expérience guideront l'élaboration des autres plans Grands fleuves. Ces plans spécifiques bénéficieront de 272 millions d'euros sur le budget de l'État et le fonds Barnier sur la période 2007- 2013. Les enjeux à l'échelle des bassins versants du Rhône, de la Seine, de la Garonne et de la Meuse sont colossaux : plusieurs millions de personnes résident en zones inondables et les dommages potentiels s'élèvent à plusieurs dizaines de milliards d'euros.
La réforme de la politique de prévention des inondations a également engendré une réorganisation territoriale du dispositif d'annonce des crues de l'État. 22 services de prévision des crues (SPC) ont ainsi été mis en place avec l'objectif de passer de l'annonce à la prévision des crues. Ces SPC sont donc chargés de surveiller les cours d'eau, de prévoir leur évolution et de diffuser l'information. L'objectif poursuivi par cette réforme consiste à donner aux autorités publiques de tous les échelons, un état de la situation pour leur permettre d'anticiper la préparation et la gestion d'une situation de crise. Dans le même temps, ce nouveau dispositif doit permettre d'informer le plus rapidement et largement possible les populations concernées, comme par exemple la carte de « vigilance crue » accessible par internet.
La politique de prévention des risques liés aux inondations s'appuie également sur la systématisation du contrôle de la sécurité des ouvrages hydrauliques et notamment des digues. Leur recensement est désormais terminé et les digues font actuellement l'objet d'un examen par les services de police de l'eau et le pôle d'appui technique pour les ouvrages hydrauliques (PATOUH) pour déterminer les risques de rupture et les travaux que devront réaliser leurs propriétaires.
*Bassins côtiers de la région d'Antibes, bassin versant du fleuve Aude, bassin versant du Lac du Bourget, bassin de la Dordogne, bassin de la Dordogne lotoise, Garonne à Toulouse, bassin de l'Isère savoyarde, bassin du Lez, bassin de la Lèze, bassin versant de la Lys, bassin de la Meurthe, bassin de la Meuse, bassins des cadereaux de Nîmes, bassins côtiers de l'île de la Réunion et le bassin versant du Vistre.