Un amendement de Charles du Courson, député de la Marne (Nouveau Centre), qui voulait préserver la compétitivité des filières nationales par rapport aux importations subventionnées a été rejeté par la commission.
Le gouvernement avait annoncé fin septembre sa décision de mettre fin en 2012 à la fiscalité privilégiée dont bénéficiaient depuis 2005 les agrocarburants, estimant que la hausse des prix du pétrole avait rendu cette incitation inutile. Le projet de budget 2009 pour la France prévoit une suppression progressive, à partir de janvier prochain, de l'exonération partielle de la taxe intérieure de consommation sur les produits pétroliers (TIPP) dont bénéficient le biodiesel et l'éthanol.