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Récifs coralliens : l'ADN environnemental améliore le suivi de la diversité des poissons

Biodiversité  |    |  Félix Gouty  |  Actu-Environnement.com

La biodiversité des récifs coralliens s'avère plus importante en laboratoire qu'à l'œil nu. Une équipe internationale de chercheurs, menée par une cohorte de scientifiques français notamment du CNRS et de l'Ifremer, en atteste dans une étude, publiée ce 20 avril, dans la revue Proceedings of the Royal Society – Biological Sciences. Pour mieux contrôler la diversité actuelle des poissons récifaux connus, particulièrement sensibles au changement climatique, les chercheurs se sont appuyés sur le séquençage d'ADN environnemental (ADNe) plutôt que sur l'observation visuelle en plongée.

Pendant deux ans, ils ont récolté 226 échantillons dans cinq régions océaniques tropicales : aux Caraïbes, dans le Triangle de corail, dans l'ouest de l'océan Indien ainsi que dans le Pacifique central et sud-ouest. Ils ont ensuite séquencé et ainsi identifié les traces d'ADN de 2 650 espèces, soit une diversité supérieure de 16 % (ou de 25 % en termes de familles) à celle mesurée en moyenne par le programme de surveillance « Reef Life Survey » de la fondation australienne éponyme depuis treize ans.

Cette différence s'explique par l'apparente absence de petites espèces benthiques (vivant proches du fond marin), qui constituent la moitié de la diversité en poissons récifaux, lors d'observations et comptages visuels. « Parmi les espèces pélagiques (réparties dans la colonne d'eau) détectées par l'ADNe, beaucoup sont des espèces océaniques ou des eaux profondes, ou appartiennent aux familles qui évitent les plongeurs, voire ne résident pas de manière permanente dans les récifs coralliens, comme les Scombridés (famille des maquereaux et des thons) et les Carcharhinidés (comportant le requin-corail, le requin-tigre ou encore le requin-citron), remarquent les chercheurs. La détection de ces espèces transitoires est primordiale du fait de leur participation active et sûrement sous-estimée au fonctionnement du récif, par le biais des stades larvaires pélagiques ou des migrations nocturnes vers le récif. » De plus, une « partie importante de l'ADNe filtré » n'a pas pu être identifié ou assigné à des espèces connues, compte tenu de probables lacunes dans les bases de données de référence.

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