Le décret n° 2012-676 du 7 mai 2012 modifie le code de l'environnement pour renforcer les programmes d'actions régionaux visant à protéger les eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole. Il précise les mesures applicables dans les zones vulnérables, définies comme des territoires où les eaux sont menacées ou déjà polluées par les nitrates.

Dans ces zones, les programmes régionaux doivent inclure des mesures renforcées issues du programme national, adaptées aux enjeux locaux. Pour les parties de zones vulnérables particulièrement touchées, comme les captages d'eau potable dépassant un seuil de nitrate ou les bassins affectés par des marées vertes, des mesures supplémentaires sont imposées. Celles-ci peuvent concerner la gestion des terres, la déclaration annuelle des quantités d'azote épandues, la limitation du bilan azoté à l'échelle de l'exploitation ou l'obligation de traiter l'azote excédentaire issu des élevages. Le préfet de région délimite ces zones et peut instaurer un dispositif de surveillance annuelle des épandages.

Le décret introduit également des dispositions spécifiques pour les cantons en excédent structurel d'azote lié aux élevages, où le préfet de région rend obligatoires certaines mesures, comme la limitation du bilan azoté ou le traitement de l'azote excédentaire. Un système de surveillance est mis en place dans ces zones, avec une quantité d'azote épandu de référence. En cas de dépassement, des restrictions supplémentaires sont appliquées pour limiter la production d'azote par les animaux d'élevage.

Pour les bassins versants où des actions complémentaires étaient déjà en vigueur, le préfet de région impose soit une limitation des apports d'azote à l'échelle de l'exploitation, soit une combinaison de mesures renforcées. Les programmes régionaux peuvent aussi intégrer d'autres mesures utiles pour atteindre les objectifs de qualité des eaux. Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de l'environnement fixe les modalités de mise en œuvre, notamment la méthodologie d'élaboration des programmes et la création d'un groupe de concertation.

Enfin, le décret prévoit une période transitoire jusqu'au 30 juin 2013, durant laquelle le préfet de département peut intégrer ces mesures dans les programmes d'actions départementaux existants. Les mesures régionales se substituent alors aux dispositions antérieures. Les programmes d'actions régionaux entrent en vigueur à une date fixée par arrêté préfectoral, avec une possibilité d'anticipation pour certaines zones.