Ce décret modifie le code de l'environnement pour renforcer la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole. Il remplace les anciens programmes d'actions départementaux par un programme d'actions national et des programmes d'actions régionaux, obligatoires dans les zones vulnérables identifiées.

Le texte établit que ces programmes visent à maîtriser l'utilisation des fertilisants azotés (organiques et minéraux) et à adapter les pratiques agricoles pour limiter les fuites de nitrates. Ils prennent en compte les spécificités locales, comme la teneur en nitrates des eaux, les systèmes de production ou la vulnérabilité des aquifères, ainsi que les données scientifiques disponibles. Le choix des mesures doit privilégier l'efficacité et le coût.

Le programme national définit des mesures communes, notamment :

• des périodes d'interdiction d'épandage ;
• des règles de stockage et d'épandage des effluents d'élevage ;
• une limitation des apports en azote par parcelle, basée sur les besoins des cultures ;
• l'obligation d'établir des plans de fumure et des cahiers d'épandage ;
• une quantité maximale d'azote épandue annuellement par exploitation, avec possibilité de dérogation sous conditions ;
• des conditions particulières d'épandage (proximité des cours d'eau, sols détrempés, etc.) ;
• le maintien d'une couverture végétale pendant les périodes pluvieuses et le long des cours d'eau.

Les programmes régionaux peuvent renforcer certaines mesures nationales ou introduire des exigences supplémentaires, comme une gestion adaptée des terres ou des actions spécifiques. Leur élaboration implique un groupe de concertation réunissant les acteurs concernés. Un groupe régional d'expertise "nitrates", placé sous l'autorité du préfet de région, propose des références techniques et formule des avis sur les questions liées aux programmes.

Le programme national est arrêté par les ministres chargés de l'agriculture et de l'environnement après consultation de l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture et du Comité national de l'eau. Les programmes régionaux sont arrêtés par les préfets de région après avis des conseils régionaux, chambres régionales d'agriculture et agences de l'eau. Tous les programmes font l'objet d'une évaluation régulière, au moins tous les quatre ans, et sont réexaminés ou révisés dans ce délai. Les programmes régionaux doivent être compatibles avec le programme national dans un délai d'un an.

En cas de situations exceptionnelles (climatiques, par exemple), le préfet de département peut déroger temporairement à certaines mesures, après avis du conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques. Les anciens programmes départementaux restent applicables jusqu'au 30 juin 2013, sauf pour les dispositions plus contraignantes du programme national, qui s'appliquent immédiatement.